[发明专利]限定母体循环血液中保守的游离浮动胎儿DNA的诊断性和治疗性靶物

说明书

对相关申请的交叉引用

本申请要求2010年8月24日提交的美国临时申请No.61/376,637的优先权，其通过提述完整并入本文。

发明领域

本发明提供了检测及表征母体样品（例如母体血液）中的胎儿遗传物质（例如胎儿DNA）以及基于非侵入性产前测试来鉴定胎儿状况。

发明背景

与通过游离浮动(free floating)的胎儿DNA的DNA诊断学有关的挑战很多。与DNA量、胎儿特异性DNA的富集、核酸纯度和了解妊娠和受试者间保守的特定胎儿DNA序列有关的问题是最大的障碍。目前，没有用于在诊断测试前测定胎儿DNA存在的令人满意的方法，这不利地影响报告一致的且可靠的数据的能力。还缺乏对可以用于鉴定特定序列（在疾病靶物外）的游离浮动胎儿DNA的充分表征，所述特定序列可以用于在妊娠间测定法开发中获得高成功率。

鉴于与通过母体全血的产前核酸分析有关的变化性，目前难以实施序列和突变特异性测定法开发。

因此，本领域中仍然需要检测胎儿DNA和相关胎儿状况的方法和途径。

本发明描述了用于检测及表征母体样品中胎儿遗传物质的技术办法。另外，本发明提供了基于母体样品中的胎儿遗传物质来鉴定胎儿状况的方法和相关材料。

发明概述

本发明部分基于如下的发现，即某些胎儿遗传物质在母体生物学样品例如母体血液中是保守的。因而，本发明提供了可用于检测胎儿遗传物质以及用于鉴定胎儿状况的方法和材料。

在一个方面，本发明提供了用于检测母体宿主(maternal host)生物学样品中胎儿DNA的存在的方法。在一个实施方案中，所述方法包括鉴定母体宿主生物学样品中至少一种保守基因组区段的基因型，并将该基因型与相应的母体基因型比较，从而基于样品基因型和母体宿主基因型之间的一个或多个差异来测定胎儿DNA的存在。

在一个实施方案中，所述保守基因组区段是表1中提供的基因组区段。在一个实施方案中，所述保守基因组区段包含表1中鉴定的任何探针。在另一个实施方案中，所述保守基因组区段包含表1中鉴定的任何基因。在又一个实施方案中，所述保守基因组区段是表1中鉴定的基因的片段，例如与表1中鉴定的基因的任何基因型标志物有关的片段。在又一个实施方案中，所述保守基因组区段是通过表1中鉴定的探针可鉴定的或与表1中鉴定的探针有关的任何基因。

在一个实施方案中，所述方法包括在母体宿主生物学样品中检测表1中提供的至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少20种、至少50种、至少100种、至少150种、至少200种、至少250种、至少500种、至少600种、至少700种、或至少800种保守基因组区段的基因型，并将该基因型与相应的母体基因型比较，从而基于样品基因型和母体宿主基因型之间的一个或多个差异来测定胎儿DNA的存在。

在一个实施方案中，保守基因组区段的基因型包含任何一种或多种遗传组成的概况(profile)，其适合于区别一种基因组与另一种基因组。例如，保守基因组区段的基因型可以包含单核苷酸多态性(SNP)、限制性片段长度多态性(RFLP)、短串联重复(STR)、DNA序列、或其任何组合的概况。在一个实施方案中，保守基因组区段的基因型包含SNP的概况。在又一个实施方案中，一种或多种保守基因组区段的基因型包含一种或多种保守基因组区段中至少约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、或100个SNP的概况。