[发明专利]鉴定肿瘤特异性新抗原的组合物和方法

权利要求书

1.一种鉴定新抗原的方法，其包括：

a. 鉴定具有癌症的受试者的表达基因中的肿瘤特异性突变；

b. 其中当步骤（a）中鉴定的所述突变是点突变时：

     i. 鉴定具有步骤（a）中鉴定的所述突变的突变型肽，

其中所述突变型肽以大于野生型肽的亲和力结合I类HLA蛋白质；并且具有小于500 nm的IC50；

c. 其中当步骤（a）中鉴定的所述突变是剪接位点、移码、连读或基因融合突变时：

     i. 鉴定由步骤（a）中鉴定的所述突变编码的突变型多肽，其中所述突变型多肽结合I类HLA蛋白质。

2.权利要求1的方法，其中所述突变型肽长度为约8-10个氨基酸。

3.权利要求1的方法，其中所述突变型肽长度大于10个氨基酸。

4.权利要求3的方法，其中所述突变型肽长度大于15个氨基酸。

5.权利要求4的方法，其中所述突变型肽长度大于20个氨基酸。

6.权利要求5的方法，其中所述突变型肽长度大于30个氨基酸。

7.权利要求1的方法，其中所述突变型肽长度为约8 - 50个氨基酸。

8.权利要求1的方法，其中所述突变型肽长度为约24-40个氨基酸。

9.权利要求1的方法，其中肿瘤特异性突变通过核酸测序进行鉴定。

10.权利要求1的方法，其进一步包括选择步骤（b）中鉴定的肽或步骤（c）的多肽，其激活抗肿瘤CD8 T细胞。

11.一种在受试者中诱导肿瘤特异性免疫应答的方法，其包括施用根据权利要求1鉴定的一种或多种肽或多肽和佐剂。

12.权利要求11的方法，其中所述佐剂是基于TLR的佐剂。

13.权利要求11的方法，其中所述肽或多肽由基于矿物油的佐剂乳化。

14.权利要求11的方法，其中所述肽或多肽和基于TLR的佐剂由基于矿物油的佐剂乳化。

15.权利要求11的方法，其进一步包括施用抗免疫抑制剂。

16.权利要求15的方法，其中所述抗免疫抑制剂是抗CTLA-4抗体、抗PD1抗体、抗PD-L1抗体、抗CD25抗体或IDO的抑制剂。

17.一种在受试者中诱导肿瘤特异性免疫应答的方法，其包括给所述受试者施用自体树突细胞或抗原呈递细胞，其已用根据权利要求1鉴定的一种或多种肽或多肽脉冲。

18.权利要求17的方法，其进一步包括施用佐剂。

19.权利要求18的方法，其中所述佐剂是基于TLR的佐剂。

20.权利要求17的方法，其进一步包括施用抗免疫抑制剂。

21.权利要求20的方法，其中所述抗免疫抑制剂是抗CTLA-4抗体、抗PD1抗体、抗PD-L1抗体、抗CD25抗体或IDO的抑制剂。

22.一种就癌症免疫接种或治疗受试者的方法，其包括：

a. 鉴定所述受试者的表达基因中的多个肿瘤特异性突变，其中当鉴定的所述突变是：

     i. 点突变时，进一步鉴定具有所述点突变的突变型肽；和/或

     ii. 剪接位点、移码、连读或基因融合突变时，进一步鉴定由所述突变编码的突变型多肽；

b. 选择步骤（a）中鉴定的一种或多种突变型肽或多肽，其结合I类HLA蛋白质；

c. 选择步骤（b）中鉴定的一种或多种突变型肽或多肽，其能够激活抗肿瘤CD8 T细胞；和

d. 给所述受试者施用所述一种或多种肽或多肽、用步骤（c）中选择的一种或多种肽或多肽脉冲的自体树突细胞或抗原呈递细胞。

23.权利要求22的方法，其进一步包括给所述受试者施用佐剂。

24.权利要求23的方法，其中所述佐剂是基于TLR的佐剂。

25.权利要求22的方法，其进一步包括施用抗免疫抑制剂。