[发明专利]生物序列分析平台及其使用方法

说明书

技术领域

本发明涉及生物技术领域，尤其涉及一种生物序列分析平台及其使用方法。 

背景技术

序列分析在分子生物学领域有很大的需求，目前也存在着大量的相关软件(本地/网络服务)，如Wisconsin 软件包(GCG)[1]，DNAStar[2], WEB-THERMODYN[3]，ANTHEPROT[4]，Omiga[5]，SEALS[6]，Seekit[7]等，其中尤其以GCG和DNAStar应用广泛，提供了大量的序列分析功能，如重复序列查找，模体查找，序列比对，进化分析等，但目前每个软件提供功能的侧重点不同，特别是对于本地软件，开发平台的不同也给使用者带来了很大的不便，用户需要在不同的平台之间进行变换，同时经常需要对文件格式进行转换；特别是在生物技术领域，相关技术人员需要对大量的客户序列进行序列分析，生成序列分析报告，这一分析工作如果仅依赖于已有的平台需要耗费大量的时间与精力。 

在基因合成、DNA测序的日常工作中，需要分析序列的各种特征，如碱基含量，有无重复序列等，序列分析的功能有：GC含量分析，碱基含量分析，正向重复序列，正向重复序列在原始序列中的加亮显示功能，反向重复序列，回文序列，反向互补序列等。GC含量分析是指将DNA序列中各区段 (长度由用户定制) 的G与C碱基的含量分别计算出，然后将其绘制在图形中。碱基含量分析是指计算整条DNA序列中的A, T, G, C四种碱基的含量。正向重复序列是指DNA序列中正向的长度相同，并且碱基排列也相同的两段子序列。正向重复序列的加亮显示，是指对于序列中存在的正向重复序列，将其用背景颜色进行加亮标注。反向重复序列是指DNA序列中反向, 长度相同，并且碱基排列也相同的两段子序列。回文序列指的是DNA序列中相邻的两条子序列，同时两条子序列反向重复。反向互补序列是指DNA序列中长度相同，并且碱基反向互补的两条子序列。 

参考文献 

1. Womble DD. GCG: The Wisconsin Package of sequence analysis programs. [Internet]. Methods in molecular biology 2000 Jan;132:3-22.

2.Burland TG. DNASTAR’s Lasergene sequence analysis software. [Internet]. Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) 2000 Jan;132(1):71-91.

3.Huang Y. WEB-THERMODYN: sequence analysis software for profiling DNA helical stability [Internet]. Nucleic Acids Research 2003 Jul;31(13):3819-3821.[cited 2011 Jun 3].

4. Deléage G, Combet C, Blanchet C, Geourjon C. ANTHEPROT: an integrated protein sequence analysis software with client/server capabilities. [Internet]. Computers in biology and medicine 2001 Jul;31(4):259-67.

5. Kramer J a. Omiga: a PC-based sequence analysis tool. [Internet]. Molecular biotechnology 2001 Sep;19(1):97-106.

6. Walker DR, Koonin EV. SEALS: a system for easy analysis of lots of sequences. [Internet]. Proceedings / ... International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology 1997 Jan;5:333-9.

7.黄戈, 顾健人. 基于WWW与UNIX的核酸序列分析实用软件的开发. 遗传学报 2001;28(3):274-277.。

发明内容

鉴于上述现有技术存在的缺陷，本发明的目的是提出一种生物序列分析平台及其使用方法。