[发明专利]基于BLAST的分布式基因序列比对方法

权利要求书

1.一种基于BLAST的分布式基因序列比对方法，其特征在于，包括以下步骤：

S1、程序对用户参数进行解析，并确定MPI线程个数，读取查询序列文件，根据任务个数分割查询序列文件得到查询序列文件片段，然后每个MPI线程分别读取各自的MPI线程序号；

S2、根据所述MPI线程序号判断当前MPI线程是否为头节点，如果当前MPI线程是头节点，则等待其它MPI线程的通信请求，如果有通信请求则响应其它MPI线程的通信请求，并将当前任务分配给提出通信请求的线程，将任务序号减1；继续分配任务，直到所有任务分配完毕，则结束当前MPI线程；如果当前MPI线程不是头节点，则先向头节点请求任务序号，根据任务序号读取查询序列文件片段，并对数据库执行BLAST，得到BLAST比对结果，然后将任务序号减1，执行BLAST完毕再请求任务序号；继续执行BLAST，直至最后一个任务；

S3、合并所有的BLAST比对结果。

2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤S1中根据任务个数分割查询序列文件时，将查询序列文件分割为相对于节点个数更多的块。

3.如权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤S2中，如果MPI线程不是头节点，则为计算节点，所述数据库以及执行BLAST时所得到的Blast中间结果均存储于所述计算节点的本地存储器中。

4.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述任务个数大于或等于MPI线程个数。

5.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述查询序列文件为FASTA格式。

6.如权利要求1～5中任一项所述的方法，其特征在于，所述数据库为基因数据库。