[发明专利]低甲基化基因PRDM16的应用方法

说明书

技术领域

本发明涉及低甲基化基因PRDM16在制备脑胶质瘤病人预后预测试剂中的应用。

背景技术

在肿瘤的发生/发展过程中DNA甲基化谱式发生明显改变，表现为全基因组的低甲基化以及某些特定基因启动子区CpG岛的高甲基化，进来的大量研究显示多种肿瘤中也存在单拷贝基因与重复序列的低甲基化，并且低甲基化在肿瘤的发生发展中发挥着非常重要的作用。DNA甲基化变异在肿瘤发生/发展过程中作用越来越得到认可。随着对DNA甲基化认识的深入，人们逐渐认识到DNA异常甲基化可作为生物学标志物用于疾病的诊断和疗效及转归判断。例如德国的Epigenetics公司开发的SEPTIN9甲基化已经进入临床试验阶段。

脑胶质瘤是人类中枢神经系统最常见的恶性肿瘤，约占神经系统肿瘤的40.49％。其发生机制尚不十分明确，大量研究表明表观遗传机制在胶质瘤的发生发展中发挥了重要作用。尽管目前采用手术治疗联合化疗和放疗的方法，胶质瘤病人的预后仍非常差。据报道，胶质瘤病人的5年生存率低于25％，而胶质瘤母细胞瘤的病人总生存时间平均为12.3个月。目前，对脑胶质瘤的预后判定没有参考标准，也没有特异性的指标，远远不能适应对人脑胶质瘤进行预后判定的需求。因此，对人脑胶质瘤进行预后判定，以便选择最佳治疗方案，显著提高患者生存率，一直是科学研究亟待解决的重要课题。

PRDM16(PR domain containing 16)也称MEL1，定位于1p36.32。GeneBank登录号NM_199454。在一部分骨髓异常增生综合症(MDS)及急性粒细胞白血病(AML)患者中发生t(1；3)(p36；q21)易位，而PRDM16则位于1p36.3断裂点附近，并且在t(1；3)(p36；q21)阳性的MDS或AML中特异性表达。该基因编码的蛋白是一个具有锌指结构的转录因子，N端含有PR结构域。染色体易位导致缺乏PR结构域的PRDM16蛋白剪切体在MDS与AML中高表达，这可能在MDS及AML的发生发展过程中发挥重要的作用。有研究表明，PRDM16能与Smad3相互作用。在胃癌细胞中，PRDM16的高表达与SKI的高表达密切相关，PRDM16与SKI共同抑制转化生长因子-β(TGF-β)信号通路。但是PRDM16在其他多种肿瘤中作用及机制尚不清楚。申请人用免疫组织化学法检测PRDM16蛋白在正常脑组织及脑胶质瘤组织中的表达，结果显示PRDM16在胶质瘤中表达增加(p＜0.05，图1)，但是各级别胶质瘤的表达无差异(p＞0.05)。亚硫酸氢盐测序PCR(BSP)结果表明，PRDM16在胶质瘤中发生低甲基化，其在高级别胶质瘤(III级、IV级)中的甲基化频率较低级别(I级、II级)病人降低，差异有统计学意义(p＝0.048)，并且胶质瘤I级患者的瘤组织中PRDM16甲基化频率高于其他3个级别(p＜0.05)，而II级、III级与IV级间甲基化频率无差异(p＞0.05)。然后用SPSS 13.0软件对PRDM16蛋白表达与PRDM16基因低甲基化进行相关性分析，结果表明两者间存在相关性(p＜0.05)，说明表观遗传学可能参与了PRDM16基因的表达调控。

发明内容

本发明的目的是提供一种低甲基化基因PRDM16的应用方法，对于脑胶质瘤的预后预测具有重要意义。

低甲基化基因PRDM16用于制备脑胶质瘤诊断、预测、检测或筛查制剂；特别是用于制备脑胶质瘤诊断、预测、检测或筛查的试剂盒。

如：用于制备亚硫酸氢盐直接测序法预测脑胶质瘤的制剂；所述的制剂中包括：根据PRDM16基因启动子区CpG岛设计的，采用亚硫酸氢盐直接测序法的引物序列为：

F：5′GGGTTATTTGGGTTTTTTTAAAGT 3′，

R：5′AAAACACTCAATCTAACACCCCTC 3′。

一种用于人脑胶质瘤预后预测的PRDM16基因启动子区甲基化检测试剂盒，包括以下引物：

F：5′GGGTTATTTGGGTTTTTTTAAAGT 3′，

R：5′AAAACACTCAATCTAACACCCCTC 3′。