[发明专利]转基因水稻品系Bar68-1的外源插入片段的旁侧序列及其应用

说明书

技术领域

本发明涉及转基因植物检测领域，具体地说，涉及转基因水稻品系Bar68-1的外源插入片段的旁侧序列，以及根据该旁侧序列设计特异性引物PCR检测转基因水稻品系Bar68-1。

背景技术

水稻是我国重要的粮食作物之一，随着转基因技术在水稻中的研究和应用，已经有多个转基因水稻品系进入了环境释放，并申请商业化种植。2009年8月，我国农业部发放了转基因水稻品系华恢1号和Bt汕优63的生产应用安全证书。对转基因植物进行品系特异性的检测是对转基因植物进行监督管理，保障其健康发展的重要技术基础。而外源基因的旁侧序列是评估转基因植物安全性的最重要的分子特征之一，因此，转基因植物外源插入片段的旁侧序列是评估转基因生物安全性的重要资料。

目前，已知一些转基因水稻外源插入载体旁侧序列的相关报道，例如，谢家建等人利用TAIL-PCR、Genome walking和LD-PCR等方法获得了转基因水稻克螟稻、Bt汕优63、科丰6号和科丰8号的外源插入片段的旁侧序列，并建立了品系特异性的检测方法。但是，目前为止，尚未发现任何关于转基因水稻品系Bar68-1的外源插入片段的旁侧序列的相关报道。

发明内容

本发明的目的是提供一种转基因水稻品系Bar68-1的外源插入片段的旁侧序列及其应用。

本发明的另一目的是提供一种转基因水稻Bar68-1的品系特异性PCR检测方法。

本发明的进一步目的是提供用于检测转基因水稻品系Bar68-1的特异性引物及含有该引物的检测试剂盒。

为了实现本发明目的，本发明的转基因水稻品系Bar68-1的外源插入片段的旁侧序列，所述旁侧序列为3’端旁侧序列，其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，或与SEQ ID NO.1所示的序列同源性在99％以上的核苷酸序列。

所述3’端旁侧序列的制备方法：以转基因水稻品系Bar68-1的基因组DNA为模板，通过hi TAIL-PCR扩增得到。

本发明的转基因水稻品系Bar68-1的外源插入片段的旁侧序列，所述旁侧序列为5’端旁侧序列，其核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示，或与SEQ ID NO.2所示的序列同源性在99％以上的核苷酸序列。

所述5’端旁侧序列的制备方法：以转基因水稻品系Bar68-1的基因组DNA为模板，通过hi TAIL-PCR和PCR扩增得到。

根据SEQ ID NO.1中第1-318位核苷酸序列设计正向引物，根据SEQ ID NO.1的第319-1099位核苷酸序列设计反向引物，建立转基因水稻Bar68-1品系特异性的定性PCR检测方法：

所述正向引物为Bar-F：5′-CCATATTCAGCTCGCCTTGC-3′；

所述反向引物为Bar-R：5′TGGTTTTTGTTGTCCGTGCCT-3′。

前述的方法包括以下步骤：1)提取植物基因组；2)以步骤1)的基因组为模板，利用上述特异性引物Bar-F和Bar-R进行PCR检测。

优选的PCR反应条件为：94℃5min；94℃30s，58℃30s，72℃30s，35个循环；72℃7min。

优选的PCR反应体系如表1所示：

表1PCR反应体系