[发明专利]一种HHIP基因多态性检测特异性引物和液相芯片

说明书

技术领域

本发明属于分子生物学领域，涉及医学和生物技术，具体的是涉及一种HHIP基因多态性检测特异性引物和液相芯片。

背景技术

Hedgehog(Hh)信号通路是一种对动物胚胎发育和细胞增殖过程中具有重要作用的信号通路，目前已发现该通路的异常激活在多种肿瘤发生中有重要作用。音猬因子相互作用蛋白(Human Hedgehog interacting Protein，HHIP)基因位于染色体4q31.21-31.3，该基因编码的一组跨膜糖蛋白能够与Hedgehog信号通路中的3个Hh蛋白相结合，从而负性调节Hedgehog信号通路活性。目前研究表明，HHIP基因的多态性与乳腺癌、慢性肺癌、结直肠癌等多种疾病的发生风险相关。

本发明目标检测的HHIP基因突变位点，如表所示：

  序号  HHIP位点突变的内容  简写  1  SEQ ID NO.17的第149位核苷酸，发生T→C突变  T149C  2  SEQ ID NO.18的第61位核苷酸，发生T→C突变  T61C

目前国内外几乎没有检测HHIP基因多态性的产品上市，关于该基因多态性的报道也寥寥无几，且大部分的报道仍处于实验研究阶段，尚未商品化，已有的检测技术主要建立在PCR技术的基础上，如直接测序法，实时荧光定量PCR法等，这些技术存在样品易污染、假阳性率高的缺点，同时，由于检测通量的局限性不能满足临床的需要。再次，这些方法都存在着检测通量的局限性，每次只能检测一种突变类型，不能满足实际应用的需要。

发明内容

本发明的目的之一是提供HHIP基因多态性检测液相芯片，该液相芯片可用于检测HHIP基因两种常见基因型T149C和T61C的野生型和突变型。

实现上述目的的技术方案如下：

一种HHIP基因多态性检测液相芯片，主要包括有：

A.针对HHIP基因的不同多态性位点分别设计的野生型和突变型特异性ASPE引物，每种ASPE引物由5’端的tag序列和3’端的针对目的基因多态性位点的特异性引物序列组成，所述特异性引物序列选自：针对T149C的SEQ ID NO.5及SEQ ID NO.6、针对T61C的SEQ ID NO.7及SEQ ID NO.8中的一对以上；所述tag序列选自SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.4中的序列；

B.分别包被有特异的anti-tag序列的、具有不同颜色编码微球，所述anti-tag序列选自SEQ ID NO.9～SEQ ID NO.12中的序列，且所述anti-tag序列能相应地与A中所选tag序列互补配对，所述anti-tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；

C.用于扩增具有T149C和T61C中的一个以上多态性位点的HHIP基因的目标序列引物。优选地，所述扩增引物为：针对T149C的SEQ ID NO.13及SEQ ID NO.14、和/或针对T61C的SEQ ID NO.15及SEQ ID NO.16。

优选地，所述ASPE引物选自：针对T149C的由SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.5组成的序列及由SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.6组成的序列、针对T61C的由SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.7组成的序列及由SEQ ID NO.4和SEQ ID NO.8组成的序列中的一对以上。