[发明专利]一种快速检测山羊Six6基因单核苷酸多态性的方法及其应用

说明书

技术领域

本发明属于动物分子育种领域，涉及基因单核苷酸多态性(SNP)的检测，特别涉及一种检测山羊同源异型框Six6基因第232位(以序列Accession No.NM_001104993.1为参考)单核苷酸变异或SNP的方法，及其在动物生长性状的标记辅助选择(MAS)育种中用于快速建立遗传资源优良的山羊种群。

背景技术

山羊是人类的重要家畜物种资源之一，它在各国社会经济和人们生活中扮演着重要角色。随着我国经济的发展和人们生活水平的提高，社会对山羊产品的需求不断加强，期望山羊育种专家尽快培育出更早、更好、更快地获得山羊产品的优良品种。在高产、优质和高效的山羊育种目标上，山羊育种专家一直关注生长发育性状，但现在的问题是仅靠传统育种手段不断改良并提高这些性状，显然是不行的，还需要标记辅助选择(MAS)介导的现代分子育种技术的介入。数量遗传学理论指出，生长性状是山羊有重要经济价值的数量性状之一，由微效多基因控制，其遗传力较低，所以仅用常规育种手段对其改良、提高时遗传进展无疑是非常缓慢的，且效果不会理想。DNA标记的出现为加速生长性状的遗传进展提供了可靠的手段和有力的保障，使标记辅助选择(MAS)育种成为一种具有广阔前景的分子育种技术，因为DNA标记具有“多态性丰富、遗传稳定、不受组织、生理发育阶段及环境影响”等诸多优点。为此，借助现代先进的MAS育种手段对我国山羊品种进行卓有成效的遗传改良，找到山羊生长发育性状的分子标记，是提高我国山羊生产水平，尤其是发育速度的根本途径。然而目前，在利用MAS育种技术改良山羊生长发育性状的实践中，首先需要在DNA水平上筛查和检测与山羊生长发育性状密切相关的DNA标记，其次是建立基因多态性的快速检测方法，然后是基因多态与生长发育性状数据进行数量遗传学分析，从而实现MAS和实现早期诊断选择。

在山羊生长发育性状的MAS育种中，研究DNA标记与目标性状之间的关系，有两种基本方法：候选基因分析和连锁标记分析。在动物研究中，候选基因分析比连锁标记分析更易操作，且不需要进行特意实验设计、费用低、统计功效强，被广泛采用，适用于任何可取得基因型和表型数据的群体。该方法通过统计方法建立相应的数学模型，从而确定该候选基因与未知基因的关系或效应。一般而言，候选基因通常是一些与研究性状生长发育过程有关的基因，可能是结构基因、调节基因或是在生化代谢途径中影响该性状表达的基因。在本发明中，Six同源框(Six-homeobox)基因家族符合山羊生长发育性状的重要候选基因的要求。

Six同源框基因家族是一类处于哺乳和脊椎动物垂体内的核心转录调控因子，被命名为Six基因(Yajima et al，2010)。目前在小鼠、人、鸡、青蛙、线虫和果蝇等物种中均已鉴定出该类基因。至今，在脊椎动物中已发现了至少6个成员因子：Six1、Six2、Six3、Six4、Six5和Six6，分为3大亚家族，即Six1/2、Six3/6和Six4/5。该家族基因所编码氨基酸的结构域基本相似，分为N-端结构域(NT)、Six蛋白互作域(SD)、Homeobox同源结构域(HD)和C-端结构域(CT)。2009年，Kumar等揭示了该家族基因所编码的转录因子在胚胎发育、细胞分化、垂体前叶正常发育、垂体机能衰退、癌症和肿瘤等方面发挥着重要的作用。