[发明专利]一种调控真核生物基因转录的DNA序列及其结合蛋白

说明书

技术领域

本发明属于生物技术领域；更具体地，本发明涉及一种调控真核生物基因转录的DNA序列及其结合蛋白。

背景技术

恶性疟原虫红细胞膜表面蛋白(PfEMP1)是var基因家族的编码产物，为恶性疟原虫最重要的毒力因子之一，介导被感染红细胞与宿主细胞受体黏附和免疫逃避等过程。var基因家族具有相互排斥性表达的特点，在约60个var基因中，一般只有其中一个基因获得表达。疟原虫在红细胞内的生活史循环中，该唯一表达的成员不断发生转换(Switching)，导致高度的抗原变异。研究表明，该过程是在转录水平上进行调控：所有var基因都位于细胞核周，沉默的基因位于异染色质区；活化的基因则位于常染色质。因此，var基因位点在细胞核周区域的定位是该过程的关键调控途径。但是，介导这一核周定位(Anchoring)的相关因子尚未有报导。

所有var基因具有类似的结构：两个外显子和一个内含子。其中，内含子序列高度保守。已有研究证实var基因的转录沉默与其内含子有关，内含子的缺失可导致相应var基因的转录激活。因此，内含子是var基因家族的重要调控序列，但是相应的作用因子(核蛋白)及其分子机制尚不清楚。鉴定参与var基因转录调控的内含子关键序列以及相关的结合蛋白，并研究它们的调控途径，不仅有助于阐明var基因家族的表达调控机制，而且为恶性疟原虫的防治提供潜在的药物靶点，具有重要的科学和应用意义。

发明内容

本发明的目的在于获得var基因内含子区域中关键核蛋白结合位点(iNBE)的DNA序列(寡核苷酸序列)、与该特征序列结合的核蛋白，以及iNBE/核蛋白复合物在var基因转录调控中所起的作用机制。

本发明的目的还在于提供调控var基因转录的蛋白及调控方法，所述的蛋白是肌动蛋白。

本发明的目的还在于提供筛选降低疟原虫毒力的潜在物质的方法。

在本发明的第一方面，提供一种寡核苷酸，所述的寡核苷酸选自：

(i)如下所示序列的寡核苷酸：5’AAAAA(TA)_nTCATAAAATAAAAA 3’；其中n＝2-20(优选的，n＝3-9；如3，4，5，6或7)；或

(ii)与(i)的寡核苷酸同源的变异体，具有与(i)的寡核苷酸相同的与蛋白质结合的能力。

在一个优选例中，所述的寡核苷酸分离自恶性疟原虫(Plasmodiumfalciparum)var基因家族的内含子序列。

在另一优选例中，所述的寡核苷酸是分离的或人工合成的。

在另一优选例中，所述的寡核苷酸是核蛋白的结合位点。

在另一优选例中，所述的蛋白质是肌动蛋白；较佳地是I类肌动蛋白(ActinI)。

在本发明的另一方面，提供所述的寡核苷酸的用途，用于特异性地与肌动蛋白相互作用。

在另一优选例中，所述的肌动蛋白是I类肌动蛋白(Actin I)。

在本发明的另一方面，提供肌动蛋白的用途，用于与var基因内含子相互作用(结合)，调控var基因的转录和表达。

在另一优选例中，所述的肌动蛋白选自：

(a)氨基酸序列如SEQ ID NO：2所示的蛋白；

(b)将SEQ ID NO：2氨基酸序列经过一个或多个(如1-20个；更佳地1-10个；更佳地1-5个)氨基酸残基的取代、缺失或添加而形成的，且具有(a)所述蛋白的功能的由(a)衍生的蛋白。

在另一优选例中，所述的肌动蛋白由SEQ ID NO：3所示的核苷酸序列编码而成。

在本发明的另一方面，提供一种复合物，包括所述的寡核苷酸以及肌动蛋白。

在另一优选例中，所述的复合物是分离的。

在另一优选例中，所述的复合物中，所述的寡核苷酸以及肌动蛋白相互作用(结合)。

在本发明的另一方面，提供所述的复合物的用途，用于筛选抑制var基因转录水平、从而降低疟原虫毒力的物质。

在本发明的另一方面，提供一种筛选降低疟原虫毒力的潜在物质的方法，所述方法包括：用候选物质与所述的复合物接触，观察该复合物中寡核苷酸以及肌动蛋白的相互作用情况，若两者的相互作用增强，则表明其是对于降低疟原虫毒力有用的潜在物质。

在另一优选例中，所述方法包括：