[发明专利]器官移植患者移植排斥的非侵入性诊断

说明书

发明背景

器官移植是一个重要的医学方法，在患者出现器官衰竭或损坏的病例中可挽救生命，并且现在可以移植很多器官，包括心脏，脏，肾，和肝。在一些病例中，移植的器官被接受的病人排斥，产生威胁生命的情况。难以监控患者排异并且花费昂贵，经常需要侵入性诊断。另外，当前的监测方法缺乏足够的灵敏度。

本发明通过提供监控器官移植患者排异的非侵入性方法来解决这些问题，所述诊断敏感，迅速并且便宜。

发明概述

本方面提供用于诊断和/或预测接受移植物的对象的移植状态或结果的方法，设备，组合物和试剂盒。在一些实施方式中，发明提供诊断或预测移植状态或结果的方法，所述方法包括以下步骤：（i）提供已经从供体接受移植物的对象的样品；（ii）测定从供体移植的一个或多个核酸是否出现，其中供体的一个或多个核酸根据预定的标记分布鉴定；和（iii）根据一个或多个核酸是否出现来诊断或预测移植状态或结果。

在一些实施方式中，移植状态或结果包括排异，耐受性，基于非排异的同种异体移植物损伤，移植功能，移植存活，慢性移植损伤，或免疫抑制药理学效价。一些实施方式中，基于非排异的同种异体移植物损伤选自下组：缺血损伤，病毒感染，围手术期缺血，再灌注损伤，高血压，生理应激，活性氧自由基造成的损伤和药物试剂造成的损伤。

一些实施方式中，样品选自血液，血清，尿，和粪便。一些实施方式中，标记分布是多态性标记分布。一些实施方式中，多态性标记分布包括一种或多种单核苷酸多态性（SNP's），一种或多种限制性片段长度多态性（RFLP's），一种或多种短串联重复（STR），一种或多种可变数目串联重复序列（VNTR's），一个或多个超变区，一个或多个小卫星，一个或多个二核苷酸重复，一个或多个三核苷酸重复，一个或多个四核苷酸重复，一个或多个简单重复序列，或一个或多个插入元件。一些实施方式中，多态性标记分布包括一种或多种SNP。

一些实施方式中，标记分布通过移植供体基因分型测定。一些实施方式中，所述方法还包括接受移植的对象的基因分型。一些实施方式中，所述方法还包括建立标记分布，其中标记在移植供体和接受移植的对象之间可以区分开。一些实施方式中，基因分型由选自测序、核酸阵列和PCR的方法完成。

本文描述的任何一个实施方式中，移植可以是任何固体器官和皮肤移植。一些实施方式中，移植选自肾移植，心脏移植，肝移植，胰腺移植，肺移植，肠移植和皮肤移植。

一些实施方式中，核酸选自双链DNA，单链DNA，单链DNA发夹结构，DNA/RNA杂交体，RNA和RNA发夹结构。一些实施方式中，核酸选自双链DNA，单链DNA和cDNA。一些实施方式中，核酸是mRNA。一些实施方式中，核酸得自循环供体细胞。一些实施方式中，核酸是游离循环DNA（circulating cell-free DNA）。

一些实施方式中，一个或多个核酸是否存在由选自测序、核酸阵列和PCR的的方法测定。在一些实施方式中，所述测序是鸟枪测序。一些实施方式中，所述阵列是DNA阵列。一些实施方式中，DNA阵列是多态性阵列。一些实施方式中，多态性阵列是SNP阵列。

一些实施方式中，所述方法还包括测定定量一个或多个核酸。一些实施方式中，一个或多个核酸的量指示移植状态或结果。一些实施方式中，高于预定阈值的一个或多个核酸量指示移植状态或结果。一些实施方式中，阈值是没有移植排斥或其他病变迹象的移植后患者临床稳定的标准值。一些实施方式中，不同的移植结果或状态有不同的预定阈值。一些实施方式中，一个或多个核酸量的暂时差异指示移植状态或结果。

一些实施方式中，本文所述方法有至少56%灵敏度。一些实施方式中，本文所述方法有至少78%灵敏度。一些实施方式中，本文所述方法有约70%-约100%特异性。一些实施方式中，本文所述方法有约80%-约100%特异性。一些实施方式中，本文所述方法有约90%-约100%特异性。一些实施方式中，本文所述方法有约100%特异性。

一些实施方式中，发明提供计算机可读介质，所述介质包括：记录其上的使计算机执行以下步骤的一组指令：（i）从接受供体移植的对象样品检测的一个或多个核酸中接收数据，其中一个或多个核酸是得自供体移植的核酸，并且其中供体的一个或多个核酸根据预定标记分布鉴定；和（ii）根据一个或多个核酸是否出现诊断或预测移植状态或结果。

一些实施方式中，发明提供实施本文所述一种或多种方法的试剂和试剂盒。

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