[发明专利]基因座的拷贝数分析

权利要求书

1.分析目标基因座的拷贝数的方法，所述方法包括：

(a)提供多个生物样本，每一个单个生物样本包含目标基因座和一个或多个具有已知拷贝数的参照基因座；

(b)进行多个生物测定，其中每一个单个生物测定分析每一个单个生物样本中的目标基因座和一个或多个参照基因座并产生可检测信号，以便目标基因座与一个或多个参照基因座的可检测信号的水平与它们各自的拷贝数相关；

(c)基于多个生物测定来确定针对一个或多个参照基因座标准化的目标基因座的多个拷贝数估值；和

(d)评估拷贝数估值的质量和/或拷贝数调用的统计置信度，从而确定是否能产生目标基因座的拷贝数调用。

2.权利要求1的方法，其中所述目标基因座包括基因或其部分。

3.权利要求2的方法，其中所述基因或其部分包括运动神经元生存蛋白1(SMN1)的外显子。

4.权利要求1的方法，其中一个或多个参照基因座选自由SMARCC1和SUPT5H组成的组。

5.权利要求3的方法，其中SMN1的外显子为外显子7。

6.前述权利要求的任一项的方法，其中步骤(b)的生物测定是扩增目标基因座和一个或多个参照基因座的实时PCR测定。

7.权利要求6的方法，其中所述可检测信号为荧光信号，并且其中在每一个扩增循环检测所述目标基因座或一个或多个参照基因座的荧光信号水平。

8.权利要求7的方法，其中步骤(c)包括步骤：

(i)确定每一个单个生物样本中目标基因座与一个或多个参照基因座达到预定的荧光信号水平所需的循环次数的差异(ΔCti);

(ii)产生反映正常目标基因座与一个或多个参照基因座之间的差异的校准器和

(iii)通过将在步骤(i)中确定的循环次数的差异ΔCti针对校准器标准化确定每一个单个生物样本中目标基因座的拷贝数估值。

9.权利要求8的方法，其中步骤(i)包括首先测量目标基因座和一个或多个参照基因座的每一个达到预定荧光信号水平所需的循环次数(Cti)。

10.权利要求8的方法，其中所述校准器是通过多个生物样本的目标基因座与一个或多个参照基因座之间的ΔCti的修剪均数定义的。

11.权利要求8-10的任一项的方法，其中每一个单个生物样本的目标基因座的拷贝数估值是在线性标度上确定的。

12.权利要求8-10的任一项的的方法，其中每一个单个生物样本的目标基因座的拷贝数估值是在对数标度上确定的。

13.前述权利要求任一项的方法，其中目标基因座的拷贝数估值的质量是基于针对一个或多个参照基因座产生的数据的质量来评估的。

14.前述权利要求任一项的方法，其中所述统计置信度是通过确定测量置信度和/或调用置信度来评估的。

15.权利要求1的方法，其中在步骤(b)中进行的生物测定是重复的。

16.权利要求15的方法，其中拷贝数调用的统计置信度是通过计算重复生物测定的测量置信度和基于多个拷贝数估值的调用置信度来确定的。

17.权利要求15的方法，其中步骤(d)包括：如果调用置信度小于预定阈值，则确定不能产生目标基因座的拷贝数调用。

18.检测与目标基因的异常拷贝数相关的疾病或其携带者的方法，所述方法包括

(a)提供多个包含至少一个获自目标个体的生物样本的生物样本；

(b)对多个生物样本的每一个进行多个重复生物测定以分析目标基因和一个或多个具有已知拷贝数的参照基因，其中多个重复生物测定的每一个产生可检测信号，以便目标基因与一个或多个参照基因的可检测信号的水平与它们各自的拷贝数相关；

(c)确定针对一个或多个参照基因标准化的目标基因的拷贝数估值；和

(d)评估目标个体的拷贝数估值的质量和/或拷贝数调用的统计置信度，从而确定是否能产生个体的目标基因的拷贝数调用。

19.权利要求18的方法，其还包括确定个体是否患有或处于发生疾病的风险中，或个体是否为所述疾病的携带者。