[发明专利]用于熔化曲线自动分析的系统和方法有效
申请号: | 201080021436.9 | 申请日: | 2010-05-14 |
公开(公告)号: | CN102428459A | 公开(公告)日: | 2012-04-25 |
发明(设计)人: | 托马斯·查尔斯·罗宾斯;罗伯特·安德鲁·帕莱斯;卡尔·托马斯·威特沃 | 申请(专利权)人: | 爱达荷科技公司;犹他州立大学研究基金会 |
主分类号: | G06F17/00 | 分类号: | G06F17/00;G06F9/00 |
代理公司: | 北京汇信合知识产权代理有限公司 11335 | 代理人: | 张元俊 |
地址: | 美国*** | 国省代码: | 美国;US |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 用于 熔化 曲线 自动 分析 系统 方法 | ||
1.一种用于分析熔化曲线数据的方法,所述方法包括:
获取实验熔化曲线数据,所述实验熔化曲线数据包括作为温度的函数的多个电-光(EO)辐射测量结果,通过将包括荧光染料的混合物熔化而获得所述测量结果,其中,所述实验熔化曲线数据包括背景EO辐射信号;
获取所述背景EO辐射信号的模型;
计算偏离函数,所述偏离函数将所述实验熔化曲线数据与背景EO辐射信号的模型之间的偏差量化为温度的函数;以及
将所述偏离函数存储在计算机可读存储介质上,以用来分析所述混合物。
2.根据权利要求1所述的方法,其中,通过将能量梯度施加到包括所述荧光染料的混合物而获得所述实验熔化曲线数据。
3.根据权利要求1所述的方法,其中,所述背景EO辐射信号的模型包括由指数衰减函数和二次函数构成的组的其中之一。
4.根据权利要求1所述的方法,还包括在人机界面装置上向用户呈现所述偏离函数。
5.根据权利要求1所述的方法,其中,计算所述偏离函数包括:
将所述实验熔化曲线数据划分为多个窗口,每个窗口被限定在所述实验熔化曲线数据的区域内;以及
计算多个拟合参数,在各相应窗口中计算每个拟合参数,所述拟合参数对所述各个窗口内的所述实验熔化曲线数据与背景EO辐射信号的模型之间的偏差进行量化,其中,所述偏离函数通过所述拟合参数形成。
6.根据权利要求5所述的方法,其中,所述混合物包括核酸样本,并且其中,通过将所述实验熔化曲线数据拟合到所述背景EO辐射信号的模型来计算所选择的窗口的拟合参数,拟合的形式为
其中,Ci和ai是拟合参数,T是温度、Ti是窗口指数,并且W是所选择的窗口的宽度。
7.根据权利要求5所述的方法,其中,计算偏离函数还包括从其减去所述偏离函数的最小值。
8.根据权利要求7所述的方法,还包括通过以下步骤来判断所述实验熔化曲线数据是否包括有效熔化转变区域:
计算偏离函数的最大值与所述偏离函数的平均值和中值的其中之一的比率;并且
在所述比率超出阈值时判断所述实验熔化曲线数据包括有效熔化转变区域。
9.根据权利要求7所述的方法,还包括:
识别所述偏离函数的第一温度区域内的高背景去除指示器和低背景去除指示器;以及
使用所述高和低背景去除指示器来计算经背景校正的熔化曲线。
10.根据权利要求9所述的方法,还包括:
将第一背景温度识别为所述第一温度区域内的在所述偏离函数超出阈值处的最高温度;
限定包括比所述第一背景温度高和/或与第一背景温度相等的温度的指示器探测区域;以及
从所述指示器探测区域选择所述高背景去除指示器和低背景去除指示器。
11.根据权利要求10所述的方法,其中,所述混合物包括蛋白质样本,所述方法还包括:
获得所述实验熔化曲线数据内的聚集信号的导数的模型;以及
使用所述导数信号模型来从所述经过背景校正的熔化曲线去除所述聚集信号。
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