[发明专利]用于基因芯片原位合成的虚拟掩模的生成方法

权利要求书

1.一种用于基因芯片原位合成的虚拟掩模的生成方法，其特征在于，包括以下步骤：

步骤1：读入表征探针阵列的数据；

步骤2：寻找探针阵列的公共超序列；

对探针阵列进行翻转前和翻转后两次超序列运算，将最短的一个超序列作为公共超序列；

步骤3：根据公共超序列确定曝光点分布；

步骤4：输出掩膜图。

2.根据权利要求1所述的一种用于基因芯片原位合成的虚拟掩模的生成方法，其特征在于，步骤3中，确定曝光点分布的方法采用常规方法：按照基因芯片原位合成的顺序以每张掩模图包含曝光点数最多为原则确定曝光点分布。

3.根据权利要求1或2所述的一种用于基因芯片原位合成的虚拟掩模的生成方法，其特征在于，步骤3中，确定曝光点分布的方法采用均匀化方法：对每张掩模图曝光点数目的均匀化是基于每一条探针与超序列的对应关系的改变实现的，具体方法为：先将各个探针与超序列靠左对应，然后引入变量N和R来引导探针排布向右扩散匹配；其中N为每次增加的从超序列右端开始搜索的碱基个数，R为探针上某个碱基与超序列匹配搜索区域，就是从超序列上倒数第m个碱基开始，到上次所匹配的超序列碱基位置前结束，m是N与该探针中某个碱基排列倒数序号的乘积；探针上的碱基所匹配的超序列位置为R内最靠左端的匹配碱基，当探针阵列中每一条探针都以相同的方法与超序列匹配完成后，计算超序列前半部分与后半部分所对应的碱基总数，逐步调节N的值，直至超序列前、后两部分所对应的探针碱基数的差值达到最小，便得到最好的均匀化结果。

4.根据权利要求3所述的用于基因芯片原位合成的虚拟掩模的生成方法，其特征在于，掩模图采用bmp格式，探针阵列存放在excel文件中，掩膜图尺寸为1024*768像素。