[发明专利]荷包猪SLA-1基因及其应用

说明书

技术领域

本发明涉及我国特色品种荷包猪SLA-1等位基因(SLA-1-HB)cDNA的扩增、序列测定和分析，以及利用其进行荷包猪品种鉴定及优化遗传育种。

背景技术

荷包猪是东北民猪的一个小型类群，分布于辽西封闭山区，因其外形酷似“荷包”而得名。该品种猪长期自繁自育，自然进化，已有300多年历史；该品种猪野生性强，具有良好的抗病能力；另外该品种猪肉质鲜美，味感醇香，俗有“北方香猪”之称。1987年被农业部列为国家一级保护猪种，2002年被列入《国家畜禽遗传资源保护名录》，2006年被确定为《国家级畜禽遗传资源保护品种》，是东北地区唯一得到国家保护的猪种。由于荷包猪还没有开发出利用市场，其保种目前完全依靠国家投入，成本昂贵，保种压力非常大。为了维持荷包猪数量的稳定，除了自繁自育外，每年要从一些山区农户收购一些散落的荷包猪。但对其的品种鉴别和人工繁育都缺乏科学有效的指导，这给荷包猪商品化养殖繁育带来巨大的难题。

本申请的发明人通过长期对荷包猪资源的调查研究，考虑到该品种独特的性能和地位，推测其在进化上也具有独特的地位和背景。此外，猪的主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex，MHC)，又称之为猪白细胞抗原(swine leukocyte antigen，SLA)，其中SLA-1(又称为SLA-C)是一重要的功能基因。Piontkivska等(2003)报道，脊椎动物的MHC分子代表物种的进化特征，据此推测猪MHC类分子重要功能基因SLA-1有可能反映荷包猪的分子进化背景。基于此，本申请的发明人拟从荷包猪的SLA-1基因入手，针对性地研发准确可靠的品种鉴别方法并为荷包猪优质遗传育种提供科学数据。

发明内容

本发明的目的之一在于提供荷包猪SLA-1基因序列，发明人通过设计特异性引物，经RT-PCR扩增荷包猪SLA-1基因cDNA，再克隆至pMD-18T载体，然后测序。结果显示，共克隆出荷包猪SLA-1基因的4个等位基因，即SLA-1-HB01～04，其碱基序列如SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：3和SEQ ID NO：4所示。

本申请的发明人利用RT-PCR扩增得到上述荷包猪SLA-1等位基因，扩增所用的引物序列是：

上游引物pM-1F：5’-ATGGGGCCTGGAGCCCTCTTC-3’(SEQ ID NO：5)；

下游引物pM-1R：5’-TTAGGATGCTCATAGGAACACA-3’(SEQ ID NO：6)；

扩增PCR程序为：

94℃  5min；

94℃  1min，64℃  1min，72℃  1min，3循环；

94℃  45s，62℃  1min，72℃  1min，3循环；

94℃  1min，60℃  1min，72℃  1min，31循环；

72℃  10min。

本发明的另一目的是提供用于荷包猪品种鉴别及指导遗传育种的方法。基于上述克隆得到的荷包猪SLA-1基因的4个等位基因序列，发明人调集DDBJ/EMBL/GenBank上除荷包猪外其他58个SLA-1等位基因，利用Gentyx 9.0(Software Development co.，Ltd)推导基因的氨基酸序列、DNAMANVersion5.2.2(Lynnon Biosoft)对SLA-1各等位基因进行序列对比，最后通过Mega2(Mega software Co.，Ltd)的neighbor-joining法绘制各基因的分子进化图谱。

通过分析荷包猪SLA-1-HB的基因分子特征，即特征性氨基酸位点，发明人发现荷包猪SLA-1基因在其编码区的88位、89位、90位、92位、97位、135位、145位、176位和177位均为特征性氨基酸，具体信息如下表：