[发明专利]一种emb B基因突变检测特异性引物和液相芯片

说明书

技术领域

本发明属于分子生物学领域，涉及医学和生物技术，具体的是涉及一种emb B基因突变检测特异性引物和液相芯片。 

背景技术

乙胺丁醇(EMB)是1961年发现的一种具有抗分枝杆菌活性的合成药物，是第一线抗结核药物。EMB是一种阿拉伯糖类似物，作用于靶分子阿拉伯糖基转移酶，抑制了阿拉伯糖基聚合入阿拉伯半乳聚糖，从而影响细胞壁分枝菌酸-阿拉伯半乳聚糖-肽聚糖复合物的形成，导致菌细胞的死亡，同时它也使靶分子在细胞内的药物(如利福平)更容易进入细胞内，而与利福平联合应用时具有协同抗结核作用。最近的研究表明结核菌耐EMB与阿拉伯糖基转移酶的编码基因embABC操纵子突变或emb蛋白过度表达有关，该操纵子由emb A、emb B和emb C等3个基因组成，其中emb B基因(尤其是306位密码子)突变是耐乙胺丁醇产生的主要原因。 

结核分枝杆菌emb B基因约3246bp，编码一个糖基转移酶emb B，基因突变使糖基转移酶结构改变，影响了乙胺丁醇和糖基转移酶的相互作用，从而导致耐乙胺丁醇的产生。emb B基因突变主要发生在codon 306，其为codon 306的Met(ATG)→Ile(ATC/ATA/ATT)或Leu(CTG)或Val(GTG)，codon 285的Phe(TTC)→Leu(TTA)、codon 330Phe(TTC)→Val(GTC)、codon406的Gly(GGC)→Ala(GCC)或Asp(GAC)或Cys(TGC)或Ser(TCC)、codon 497的Gln(CAG)→Arg(CGG)。 

目前，对emb B基因突变的检测方法主要有过聚合酶链反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)、PCR限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)、PCR直接测序法等，存在灵敏度低、假阳性率高、稳定性和可重复性差、价格昂贵等缺点，不能满足实际应用的需要。 

发明内容

本发明的目的是提供一种emb B基因突变检测液相芯片。该液相芯片可用于检测emb B基因常见突变位点：codon 306的Met(ATG)→Ile(ATC/ATA/ATT)或Leu(CTG)或Val(GTG)，codon285的Phe(TTC)→Leu(TTA)、codon 330的Phe(TTC)→Val(GTC)、codon 406的Gly(GGC)→Ala(GCC)或Asp(GAC)或Cys(TGC)或Ser(TCC)、codon 497的Gln(CAG)→Arg(CGG)。 

实现上述目的的技术方案如下： 

一种emb B基因突变检测液相芯片，包括有 

(A)针对每种突变位点分别设计的野生型和突变型的ASPE引物，每种ASPE引物由5’端的tag序列和3’端的针对突变位点的特异性引物组成，所述tag序列选自SEQ IDNO.1～SEQ ID NO.17；所述野生型和突变型的特异性引物选自：针对codon 285位 点的SEQ ID NO.18及SEQ ID NO.19、针对codon 306位点的SEQ ID NO.20及SEQID NO.21～25中的一种以上、针对codon 330位点的SEQ ID NO.26及SEQ IDNO.27、针对codon 406的SEQ ID NO.28及SEQ ID NO.29～32中的一种以上、和/或针对codon 497位点的SEQ ID NO.33及SEQ ID NO.34； 

(B)anti-tag序列包被的、具有不同颜色编码的微球，所述anti-tag序列选自SEQ IDNO.35～SEQ ID NO.51，并能相应地与(A)中所选的微球上tag序列互补配对，且所述anti-tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列； 

(C)用于扩增出需要检测的、具有突变位点的目标序列的引物。 

优选地，所述扩增引物为：针对codon 285、codon306和/或codon 330突变位点的SEQ ID NO.52及SEQ ID NO.53，针对codon 406的SEQ ID NO.54及SEQ ID NO.55，和/或针对codon 497位点的SEQID NO.56及SEQ ID NO.57。