[发明专利]DNA测序仪短序列回贴基因组方法无效

申请号：	201010519782.1	申请日：	2010-10-19
公开（公告）号：	CN102453751A	公开（公告）日：	2012-05-16
发明（设计）人：	马斌	申请（专利权）人：	鼎生科技（北京）有限公司
主分类号：	C12Q1/68	分类号：	C12Q1/68;G06F19/10
代理公司：	北京海虹嘉诚知识产权代理有限公司 11129	代理人：	闫强
地址：	100085 北京市海淀***	国省代码：	北京;11
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摘要：
搜索关键词：	dna 测序仪短序列基因组方法
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【权利要求书】：

1.DNA测序仪短序列回贴基因组方法，其特征在于包括如下步骤：

用全长离散种子组合对DNA测序仪产生的短序列和基因组做索引，以筛选出可能回贴的位置集合；

全长离散种子为长度与所述短序列长度相同的代码串，代码串由若干位匹配码和通配符组成；匹配码代表需要将所述短序列和基因组进行比对的位，通配符代表不需要将所述短序列和基因组进行比对的位；所述全长离散种子组合为所述短序列回帖基因组达到100％查全率需要最低数量全长离散种子的组合；

对应多种情况的所述全长离散种子组合如下所示，其中一个s#.w#.r#或者s#.w#.z#表示一组全长离散种子，#代表数字，s后面的数字表示种子长度，w后面的数字表示种子的权重，r后面的数字表示能达到100％查全率所允许的错配个数，z后面的数字表示能达到100％查全率所允许的在颜色空间允许的错配个数；r和z分别对应两种DNA测序仪输出短序列；1代表所述匹配码，*代表通配符；所述全长离散种子组合还包括如下所示任意全长离散种子组合的列置换后的结果：

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2.根据权利要求1所述DNA测序仪短序列回贴基因组方法，其特征在于s#.w#.z#代表的DNA测序仪输出的短序列回帖基因组过程利用Intel芯片中的SSE指令集进行加速，伪码如下：

输入：短序列R＝R_0...L-1(L为序列长度，R_i¹{0，1，2，3})，其Adaptor为Ada(R)¹{A，C，G，T}；

参考序列G(G_i¹{A，C，G，T})；

输出：R与G最佳比对下的错配个数

int min_mismatch(R，G)

令F(A)＝0，F(C)＝1，F(G)＝2，F(T)＝3，将字母映射为数字；

令X为128位整数，由四个32位整数X₀X₁X₂X₃组成，X_i进而由四个8位整

数X_i⁰X_i¹X_i²X_i³组成；

令T为和X长度一致的128位整数；

令Y[0...3]和Z[0...3]为和X长度一致的128位整数数组，定义如下：

Y[0]＝0001 0001 0001 0000；(共128位)

Y[1]＝0001 0001 0000 0001；

Y[2]＝0001 0000 0001 0001；

Y[3]＝0000 0001 0001 0001；

Z[0]＝0111 1011 1101 1110；

Z[1]＝1011 0111 1110 1101；

Z[2]＝1101 1110 0111 1011；

Z[3]＝1110 1101 1011 0111；

X＝Y[F(Ada(R))]；

for i from 0 to L-1

T₀⁰＝X₀⁰；T₀¹＝X₁⁰；T₀²＝X₂⁰；T₀³＝X₃⁰；//PACKSSDW，PACKSSWB

T₁＝T₀；T₂＝T₀；T₃＝T₀；//PUNPCKLDQ

X+＝Z[R_i]；//PADDB

X_i⁰＝min{X_i⁰，X_i¹，X_i²，X_i³}；//PMINUB

X+＝Y[G_i]；//PADDB

done

return min{X₀⁰，X₁⁰，X₂⁰，X₃⁰}；//PMINUB

end。

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