[发明专利]水稻稻米糊化温度调控基因分子标记及其应用

说明书

技术领域

本发明涉及水稻稻米糊化温度调控基因分子标记及其应用。

背景技术

培育高产、优质的水稻新品种是育种学家长期以来追求的目标。经过几十年的努力，尤其是杂交稻技术的利用，我国在水稻生产上取得了举世公认的成就。但是由于过去一直把如何解决人们的温饱问题放在第一位，所以水稻育种工作的重点大部分集中于水稻高产新品种的培育上，从而导致优质稻米的育种工作相对滞后，尤其是一些高产的杂交稻品质普遍偏差。

导致稻米品质改良进展较慢的一个主要原因是其遗传上的复杂性和传统研究手段的局限性。稻米的品质性状包括外观品质、加工品质、蒸煮品质、营养品质和食味品质等诸多方面。其中稻米蒸煮品质是评价稻米品质的最重要指标。蒸煮品质是指稻米在蒸煮过程中所表现出来的特性，主要由直链淀粉含量(Amylose Content，AC)、胶稠度(Gel Consistency，GC)、糊化温度(Gelatinization Temperature，GT)三个理化指标来评价。不同稻米品种的稻米品质变化范围很大，即使是在同一杂交组合后代中不同个体也有较大的差异，这说明稻米品质不仅仅受到单个基因的控制，可能受到多个基因的共同调控。传统的QTL方法难以定位到具体基因，并且在分辨能力上受到亲本遗传差异的限制，所以在研究中具有一定的局限性。

导致稻米品质改良进展较慢的另一个主要原因是传统育种手段的局限性。传统育种方法主要是对有利目标性状进行定向选择和固定，培育出优良新品种，这具有很大的盲目性和不可预测性(黎志康.我国水稻分子育种计划的策略.分子植物育种2005，3，603-608)。并且，个体选择的方法是对符合育种目标的农艺性状进行直接选择，即选择的是个体表现型而不是基因型。由于基因间存在一因多效、多因一效、调控基因以及修饰基因等的作用，个体的表现型与基因型往往存在较大差异，因而通过田间表型性状进行个体选择的准确性较差。分子标记辅助选择(Marker-assistedSelection，MAS)技术给水稻育种提供了新的途径，与传统育种技术相结合可大大提高育种效率，缩短育种周期。MAS的核心是把常规育种中的表型选择转化为基因型选择，它直接反映了DNA的序列差异，不受基因表达的影响，结果可靠性强，并且不受植物的生长发育阶段及环境条件的影响(冯建成.分子标记辅助选择技术在水稻育种上的应用.中国农学通报2006，22，43-47.)。但迄今可直接应用于GT育种的分子标记很少，如果能将阐明的控制稻米GT的各个基因的遗传变异转化为可操作的分子标记，结合MAS应用于稻米品质育种工作中，必将有效推进稻米品质的改良。

发明内容

本发明的目的是提供水稻稻米糊化温度调控基因分子标记及其应用。

本发明提供的辅助鉴别具有不同稻米糊化温度的水稻的方法，包括如下步骤(1)：

(1)以待测水稻的基因组DNA为模板，用SSII-3M1引物对进行PCR扩增；如果得到90bp的DNA片段，待测水稻的基因型为I型；如果得到81bp的DNA片段，待测水稻的基因型为II型；基因型为II型的水稻的碱消值低于基因型为I型的水稻的碱消值；所述SSII-3M1引物对由序列表的序列1所示DNA和序列表的序列2所示DNA组成。

所述方法在进行完所述步骤(1)后，还可进行如下步骤(2)，在进行完所述步骤(2)后还可进行如下步骤(3)或步骤(4)：

(2)以基因型为I型水稻的基因组DNA为模板，用SSII-3M2引物对进行PCR扩增，然后用限制性内切酶Ban II酶切PCR扩增产物；如果得到283bp的DNA片段，待测水稻的基因型为I-a型；如果得到326bp的DNA片段，待测水稻的基因型为I-b型；所述SSII-3M2引物对由序列表的序列3所示DNA和序列表的序列4所示DNA组成；