[发明专利]一种通用寡核苷酸序列库的构建及应用

权利要求书

1.一种构建通用寡核苷酸序列库的方法，其特征在于：对于可作为探针、引物的一类寡核苷酸序列，在目标序列集的中统计它们的出现频率，得到高频备用寡核苷酸序列库。后通过贪婪算法对高频序列库中的每条序列及不同的序列组合进行分布分析，利用最少的寡核苷酸序列达到对目标序列集最大的覆盖率，并保证探针分布的均匀性和分布密度，这样的一组寡核苷酸序列即构成通用序列库。

2.如权利要求1所述的构建通用寡核苷酸序列库的方法，其特征在于：寡核苷酸序列中不出现连续四位相同的碱基，序列的GC含量应在30％-70％之间。

3.如权利要求1所述的构建通用寡核苷酸序列库的方法，其特征在于：所选的寡核苷酸序列长度应在8-12个碱基。

4.如权利要求1所述的构建通用寡核苷酸序列库的方法，其特征在于：待分析的目标序列集可以是任何物种的转录组、基因组或任何一组核苷酸序列。

5.如权利要求1所述的构建通用寡核苷酸序列库的方法，其特征在于：将高频寡核苷酸序列按其在目标序列集中出现的频率排序，选取频率最高的一部分序列组成高频备用寡核苷酸序列库，所选择的序列应不低于备选序列总数的0.1％，不高于备选序列总数的15％。

6.如权利要求1所述的通用寡核苷酸序列库，对库中的每条序列，其反向互补序列也应包含在内。

7.如权利要求1所述的构建通用寡核苷酸序列库的方法，其特征在于：其中的序列作为分析探针、捕获探针时，应通过核苷酸修饰技术提高其解链温度。核苷酸修饰技术包括但不局限于LNA(Locked Nucleic Acid)、ZNA(Zip Nucleic Acids)。

8.如权利要求1所述的通用寡核苷酸序列库，其应用领域包括：(1)作为分析探针用于实时荧光PCR；(2)作为捕获探针用于DNA矩阵列，DNA固态芯片，或基于磁珠(磁性微小球)或其它基质的液体芯片；(3)作为通用引物启动一组带有该引物序列的RNA的反转录或DNA的复制。