[发明专利]描绘肿瘤类型生物标志模式和特征集的基因靶和基因表达的蛋白靶

说明书

相关申请

本申请要求2008年10月14日提交的美国临时申请61/105,335和2008年10月20日提交的61/106,921的权益，它们均通过引用整体并入本文。

发明领域

本发明总体上涉及应用分子概况分析来鉴定特定肿瘤类型或癌症的生物标志模式(biomarker pattern)或生物标志特征集(biomarker signature set)。本发明还提供了基于生物标志模式或生物标志特征集确定具体肿瘤类型、癌症或疾病状态的医疗干预的系统和方法。生物标志模式或生物标志特征集的鉴定可在疾病的任何阶段进行。具体而言，本发明涉及按肿瘤类型或组织类型鉴定晚期癌症或疾病的生物标志模式或生物标志特征集。本发明还涉及用于检测具体癌症或疾病状态的生物标志的鉴定和用于检测具体癌症或疾病状态的有效检测方法。

背景

患者的疾病状态通常用基于临床依据的标准而选择的治疗方案或疗法来治疗；也就是说，基于患者已被诊断患有特定疾病的决定来为患者选择治疗疗法或方案(所述诊断根据经典诊断测定法作出)。尽管在各种疾病状态后面的分子机制多年来一直是研究的主题，但患病个体的分子概况分析在确定该个体的治疗方案和疗法上的具体应用是疾病特异性的并且没有被广泛开展。

已使用分子概况分析结合患者的临床表征来确定一些治疗方案，所述临床表征诸如由医师作出的观察结果(诸如国际疾病分类编码，例如，以及确定这些编码的日期)、实验室测试结果、x射线、活组织检查结果、由患者作出的陈述和医师作出具体疾病诊断通常依赖的任何其他医学信息。然而，使用基于分子概况分析的选择材料与临床表征(诸如特定类型的癌症的诊断)的结合来确定治疗方案或疗法存在以下风险：因为一些治疗方案即使与治疗特定类型的疾病状态有关，它们也可能对不同的疾病状态非常有效，所以对于特定个体而言，有效的治疗方案可能被忽视。

患有转移性癌症的患者受到治疗医师的特别关注。大多数患有转移性癌症的患者最终对于自身的肿瘤用尽治疗选择。这些患者在他们的肿瘤进展到标准一线治疗和二线治疗(以及有时三线治疗和更进一步的(beyond)治疗)后具有的选择就非常有限。尽管这些患者可能参加新抗癌剂的I期和II期临床试验，但他们通常必须满足非常严格的资格标准。研究显示当患者参加这些类型试验时，新抗癌剂可给出从I期背景下平均5％到10％的响应率到II期背景下的12％的响应率之间的任何响应率。这些患者还具有决定接受治疗其症状的支持性护理的选择。

近来在开发对细胞表面受体或者上调或扩增的基因产物更具针对性的新抗癌剂上具有极大兴趣。这种方法已取得某种成功(例如，针对乳腺癌细胞中的HER2/neu的赫赛汀、针对淋巴瘤细胞中的CD20的利妥昔单抗、针对VEGF的贝伐单抗、针对EGFR的西妥昔单抗等等)。然而，患者的肿瘤在这些治疗后最终仍演进。如果在患者肿瘤中测量较大数目的靶或分子发现诸如分子机制、基因、基因表达的蛋白和/或这些的组合，可发现能够通过使用特异性治疗剂加以利用的另外的靶或分子发现。鉴定能够治疗多种靶或潜在机制的多种剂将为转移性癌症患者提供对现存的那些治疗方案的可行的治疗替代方案。

据此，存在对于鉴定特定的肿瘤类型或癌症的生物标志模式或生物标志特征集的需要，并且对特定肿瘤类型或癌症的耐药性表达概况存在特别的需要。对基于生物标志模式或生物标志特征集来确定特定肿瘤类型、癌症或疾病状态的医疗干预的系统和方法也存在需要。

概述

本发明的一方面包括用于确定特定疾病状态的个体化医疗干预的系统和方法。一种用于确定疾病状态的医疗干预的示例性方法包括如下步骤：对来自患病个体的生物样品进行基因测试和/或基因表达的蛋白测试，确定哪些基因和/或基因表达的蛋白相比于参照物表现出表达的改变，并且鉴定用于与表现出表达改变的基因和/或基因表达的蛋白相互作用的药物治疗，所述药物治疗不限于单一疾病。在本发明的这种示例性实施方式的一方面，鉴定用于与表现出表达改变的基因和/或基因表达的蛋白相互作用的药物治疗的步骤可包括由自动评审广泛的文献数据库和/或从临床试验产生的数据鉴定药物治疗的步骤。

本发明还涉及通过进行至少一种基因的测试和/或至少一种基因表达的蛋白的测试并确定哪些基因和/或基因表达的蛋白相比于特定组织类型的正常参照物表现出特定肿瘤类型或组织类型的表达改变来鉴定特定肿瘤类型、癌症或疾病状态的生物标志模式或生物标志特征集。进行至少一种基因的测试和/或至少一种基因表达的蛋白的测试的步骤可能包括进行免疫组织化学(IHC)分析和/或微阵列分析的步骤。