[发明专利]鉴定疾病风险因子的方法

说明书

相关申请

本申请要求2008年8月12日提交的美国临时申请No.61/088,203；2009年6月12日提交的美国临时申请No.61/186,673；和2009年7月10日提交的美国临时申请No.61/224,647的优先权，通过本文中的述及完整收录每一篇的公开内容。

发明领域

本发明涉及基因组学、遗传学、药物遗传学、和生物信息学领域，包括基因组分析和DNA序列变异研究。本发明还涉及DNA序列中的变异与预报个体对特定疾病、病症、或疾患的易感性和/或对特定药物或治疗的响应之间的关联的研究。

发明背景

对与复杂疾病有关的遗传标志物的搜索正在进行中。用SNP阵列进行的基因组尺度扫描研究继续突显ApoE区是对于阿尔茨海默氏病研究中的调查而言最重要的区域(Coon et al.，J.Clin.Psychiatry 68：613-8(2007)；Li et al.，Arch.Neurol.65：45-53(2007))。

先前提出ApoE 4同等型与晚期发作阿尔茨海默氏病形成风险升高有强关联(Pericak-Vance et al.，Am.J.Hum.Genet.48，1034-50(1991)；Martin et al.，2000，美国专利No.6,027,896，Roses，et al.，美国专利No.5,716,828，Roses etal.)。该相关性是剂量依赖性的(Yoshizawa et al.，1994；Schellenberg，1995)。就是说，两种ApoE 4等位基因的携带者比只有一种ApoE 4等位基因的携带者更有可能而且在更早的年龄形成晚期发作阿尔茨海默氏病(LOAD)(Corder etal.，Science 261，921-3(1993))。

不过，E4等位基因只占遗传性阿尔茨海默氏病的大约50％。一种解释是ApoE 4仅仅充当附近连锁不平衡的某物的代替标志物。或者，考虑到最近发现ApoE 4在线粒体毒性中起机械作用(mechanistic role)，ApoE 4的负面效应可能被附近编码的另一种基因产物消除或加剧(Chang et al.，2005)。

由于ApoE状态还与冠状动脉疾病并也有可能与众多其它疾病和病症的风险有关，ApoE区的研究的蕴涵不限于阿尔茨海默氏病，而是潜在深远的(Mahley et al.，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 103：5644-51(2006))。更广泛而言，对变异序列检查与已知涉及复杂疾病过程的其它遗传区连锁不平衡的基因周围的过程或途径会提供在解释那些疾病的机制中有价值的信息。

发明概述

本文中提供的是一种用于鉴定与感兴趣疾患形成(例如感兴趣疾病的较早或较晚发作)有关的遗传变体的方法，包括(a)根据含有DNA的生物学样品测定由多名人类受试者个体在感兴趣遗传基因座处携带的核苷酸序列，其中所述受试者包括(i)受感兴趣疾患影响的受试者和(ii)未受感兴趣疾患影响的受试者二者；(b)自在所述多名受试者中观察到的核苷酸序列鉴定所述遗传基因座处的遗传变体(例如使用多重序列比对分析)；(c)通过构建所述受试者的所述核苷酸序列的系统发生树来将所述遗传变体绘图，所述树包含鉴定所述受试者间变体变化(例如同一顺反子上的变体变化)的分支；(d)检查所述树中作为分支呈现的遗传变体并确定受影响的与未受影响的受试者之比以鉴定那些导致受影响与未受影响受试者之比变化的变化(优选地，其中起点是代表最大数目受试者的遗传变体)；并然后(e)鉴定受影响与未受影响受试者之比与所述树上一种或多种邻近变体有实质性差异(例如相差至少5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、或90％)的遗传变体或变体组(单元型)以由此鉴定与所述感兴趣疾患形成有关的遗传变体。

在一些实施方案中，所有受试者携带与所述感兴趣疾患有关的相同已知多态性。

在一些实施方案中，所述感兴趣疾患是神经变性疾病、代谢疾病(例如血脂障碍)、心血管疾病、精神病症、或癌症。在一些实施方案中，所述感兴趣疾病是疾病发病机制涉及ApoE和/或TOMM40的疾病。

在一些实施方案中，所述感兴趣疾患与升高或降低的线粒体功能障碍有关。在一些实施方案中，所述感兴趣疾患是精神分裂症。在一些实施方案中，所述感兴趣疾患是冠状动脉疾病。在一些实施方案中，所述感兴趣疾患是II型糖尿病。在一些实施方案中，所述感兴趣疾患是帕金森氏病。在一些实施方案中，所述感兴趣疾患是阿尔茨海默氏病。