[发明专利]用于计数抗生素抗性微生物的方法和组合物

说明书

相关专利申请的交叉引用

本申请要求2008年8月21日提交的美国专利申请No.61/090,761的优先权，该专利申请以引用方式全文并入本文。

背景技术

有大量文献证明凝固酶阳性菌种金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)是人类机会性病原体(Murray等人编辑，1999，Manual of Clinical Microbiology，第7版，ASM Press，Washington，D.C.)。由金黄色葡萄球菌引起的医院感染是发病和死亡的主要原因。由金黄色葡萄球菌引起的一些最普通的感染涉及皮肤，这些感染包括发生在各个部位的疖子或疔疮、蜂窝织炎、脓疱病以及手术后和慢性伤口感染。由金黄色葡萄球菌导致的一些更严重的感染是菌血症、肺炎、骨髓炎、急性心内膜炎、心肌炎、心包炎、大脑炎、脑膜炎、烫伤样皮肤综合征和各种脓肿。

由葡萄球菌肠毒素介导的食物中毒是另一种与金黄色葡萄球菌相关的重要综合征。中毒性休克综合征是一种社区获得性疾病，它也已被归因于产毒素的金黄色葡萄球菌的感染或定植。耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)出现在二十世纪80年代，成为医院中的重大临床和流行病学问题(Oliveira等人，2002，Lancet Infect Dis.2：180-189)。MRSA能耐受所有的β-内酰胺，包括青霉素、头孢菌素、碳青霉烯类和单环内酰胺类，它们是治疗金黄色葡萄球菌感染的最常用抗生素。MRSA感染只能用毒性更高且更昂贵的抗生素治疗，这些抗生素通常作为最后一道防线来使用。由于MRSA能容易地通过医护人员在患者间传播，全世界的医院都面临控制MRSA的问题。因此，需要开发出用于检测和/或鉴定MRSA的快速简便的筛选或诊断试验法，以减少它的扩散和改善对受感染患者的诊断和治疗。

金黄色葡萄球菌中的甲氧西林耐受性之所以独特，是因为从其他凝固酶阴性葡萄球菌(CNS)获得了编码耐β-内酰胺的青霉素结合蛋白(PBP)的DNA，该蛋白在细胞暴露于β-内酰胺抗生素时会接管正常PBP的生物合成功能。金黄色葡萄球菌通常含有四种PBP，其中PBP 1、2和3是必需的。MRSA中的低亲和力PBP被称为PBP 2a(或PBP2′)，是由染色体mecA基因编码，起到耐β-内酰胺的转肽酶的作用。mecA基因在甲氧西林敏感性金黄色葡萄球菌中不存在，但广泛分布于其他的葡萄球菌种类中，且高度保守(Ubukata等人，1990，Antimicrob.Agents Chemother.34：170-172)。

基于检测mecA基因和金黄色葡萄球菌特异性染色体序列来检测和鉴定MRSA的方法已有描述。(Saito等人，1995，J.Clin.Microbiol.33：2498-2500；Ubukata等人，1992，J.Clin.Microbiol.30：1728-1733；Murakami等人，1991，J.Clin.Microbiol.29：2240-2244；Hiramatsu等人，1992，Microbiol.Immunol.36：445-453)。但是，由于mecA基因在金黄色葡萄球菌和凝固酶阴性葡萄球菌中都广泛存在，这些方法并不总是能够区别MRSA与耐甲氧西林凝固酶阴性葡萄球菌(MRCNS)(参见Suzuki等人，1992，Antimicrob.Agents.Chemother.36：429-434)。为解决这个问题，Hiramatsu等人开发了对MRSA具有特异性的基于PCR的测定法，该测定法利用能与3种类型的葡萄球菌染色体盒mec DNA(SCCmec DNA)的右末端杂交的引物，以及对金黄色葡萄球菌的对应于SCCmec整合位点的右侧上的核苷酸序列具有特异性的引物。(美国专利No.6,156,507)。其他葡萄球菌种类(例如表皮葡萄球菌(S.epidermidis)和溶血葡萄球菌(S.haemolyticus))中的SCCmec整合位点周围的核苷酸序列与金黄色葡萄球菌中存在的那些核苷酸序列不同，因此，这个PCR测定法能特异性检测MRSA。

用于检测MRSA和区分MRSA与MRCNS的遗传测定法相对较昂贵。另外，这类试验法需要复杂的仪器和熟练的实验人员才能进行。

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