[发明专利]MS/MS数据处理

权利要求书

1.一种从前体离子种类的碎片来识别这些前体离子种类的方法，该方法包括：

(a)确定表示多个前体离子种类的质量的一个量；

(b)将该多个前体离子种类的离子裂解以形成从该多个前体离子衍生出的多个碎片离子；

(c)对从多个前体离子种类衍生出这些碎片离子一起/同时进行质量分析；

(d)将多个碎片离子种类的一个或多个样本集合指定给该多个前体离子种类中的特定一个，该样本集合或每个样本集合包括多个碎片离子种类，这些碎片离子种类在步骤(c)中所确定的组合质量与这些碎片离子种类所指定的这些前体样本离子种类中特定一个的组合质量相对应；

(e)对于这些前体离子种类中的一个或多个，将识别(i)在步骤(a)中所识别的该特定前体样本离子种类的质量，以及(ii)对于该特定前体离子种类在所指定的样本集合或每个指定的样本集合中该多个碎片离子种类的质量的样本数据传送给一个比较装置，用于对应地将表示该前体和所指定的碎片离子种类的质量的多个量与在参比碎片离子数据和参比前体离子数据的一个或多个参比集合中代表离子质量的多个量进行比较；并且

(f)从该比较装置接收表示所述比较的结果的信息，该信息试图识别出已经对其指定了该多个碎片样本离子种类的前体离子种类。

2.如权利要求1所述的方法，进一步包括提供该前体离子种类的一种表示的步骤，即该前体离子种类被认为是一个可能的候选前体离子种类，从该候选前体离子种类中衍生出碎片离子种类的该样本集合或者一个特定的样本集合。

3.如权利要求2所述的方法，进一步包括：

提供多个可能的前体离子种类的一种表示，从这些可能的前体离子种类中衍生出在一个特定样本集合中的碎片离子种类；连同那个碎片离子样本集合与对应的多个前体离子种类中的每一个的匹配相似度的一种表示。

4.如以上权利要求中任何一项所述的方法，其中确定表示多个前体离子种类的质量的一个量的步骤(a)包括：

分离一个第一前体离子种类的多个离子；

分离至少另一种前体离子种类的多个离子；并且

将已分离的每个前体离子种类的至少一些离子裂解，以便形成从所述多个前体离子衍生出的所述多个碎片离子。

5.如权利要求4所述的方法，其中分离一个第一前体离子种类的多个离子的步骤与分离该另外的或每个另外的前体离子种类的多个离子的步骤是在不同的时间执行的。

6.如权利要求5所述的方法，进一步包括将所分离的该第一前体离子种类的这些离子与所分离的该另外的或每个另外的前体离子种类的这些离子一起进行存储，并且一旦已经存储了该多个不同的离子种类的这些离子时，将每个前体离子种类的这些离子的至少一些基本上同时进行裂解。

7.如权利要求4所述的方法，进一步包括从该另外的或每个另外的前体离子种类的这些离子的一个裂解物上分别地对该第一前体离子种类的这些离子的至少一些进行裂解；并且将从每个前体离子种类得到的这些碎片存储在一起作为从所述多个前体离子衍生出的所述多个碎片离子。

8.如以上权利要求中任何一项所述的方法，进一步包括：在指定多个碎片离子种类中的一个或多个样本集合的步骤(e)之后，从对于该前体离子种类所指定的碎片离子的一个或多个集合对每个前体离子种类构建一个碎片离子的部分质谱的步骤；其中参比碎片离子数据的该参比集合或每个参比集合是一个参比碎片离子质谱，并且其中传送该样本数据的步骤(f)包括传送碎片离子的该部分质谱用于将其与该参比碎片离子质谱或每个参比碎片离子质谱进行比较，并且传送该对应的前体离子种类的质量或与其相关的一个值，以试图识别所述前体离子种类。

9.如权利要求8所述的方法，进一步包括以下步骤：

获取该多个前体离子种类的一个前体质谱；并且

将该前体样本质谱的精细结构与所构建的碎片离子质谱的精细结构进行比较，以试图使所构建的碎片离子质谱的精细结构中的特定一个与该前体质谱中的特定一个的精细结构相关联。

10.如以上权利要求中任何一项所述的方法，进一步包括将这些前体离子和碎片离子之一或二者去同位素并且去电荷的步骤。