[发明专利]一种针对目标生物的目标基因建立系统进化树的方法

权利要求书

1.一种针对目标生物的目标基因建立系统进化树的方法，所述方法包括如下步骤：

1)数据的获取；

2)序列的比对和分析；和

3)系统进化树的构建；

其中，在第1)步骤中，下载所述目标基因的蛋白的结构域，通过基因组或蛋白组已经测序完成的生物蛋白数据库搜索获取含有所述结构域的序列，并使用基因组或蛋白组已经测序完成的生物的相应目标基因搜索近缘植物的蛋白序列。

2.如权利要求1所述的方法，其中，在所述第1)步骤中，所述结构域从Pfam网站下载。

3.如权利要求1或2所述的方法，其中，所述第2)步骤采用ClustalX1.83软件以默认参数进行。

4.如权利要求1至3任一项所述的方法，其中，在所述第2)步骤中，还包括手工校对修正所述结构域两侧的比对结果和去除缺口序列。

5.如权利要求1至4任一项所述的方法，其中，所述第3)步骤采用MEGA4.0软件的邻接法构建。

6.如权利要求1至5任一项所述的方法，其中，所述目标生物为植物，优选为被子植物。

7.如权利要求1至6任一项所述的方法，其中，所述植物为开花植物。

8.如权利要求1至8任一项所述的方法，其中，所述开花植物为青花菜(Brassica oleracea L.var.italica P.)，并且所述近缘植物为拟南芥、大白菜和/或油菜。

9.如权利要求7或8所述的方法，其中，在所述第1)步骤中，所述生物蛋白数据库为NCBI蛋白数据库和/或开花植物EST库，并且选择阈值为阈值E≤1e^-5。