[发明专利]筛查黄瓜花叶病毒属病毒的芯片及其应用

说明书

技术领域

本发明涉及筛查黄瓜花叶病毒属病毒的芯片及其应用。

背景技术

本发明涉及生物信息学及生物检测鉴定技术领域，具体地说涉及黄瓜花叶病毒属已知及未知病毒鉴定的探针及操作系统。主要用于出入境检验检疫系统的黄瓜花叶病毒属病毒检疫、植保站植物病毒病的诊断以及植物病毒分类学研究中的病毒鉴定等领域。

根据国际病毒分类委员会(International Committee on Taxonomy of Viruses，ICTV)第八次分类报告，黄瓜花叶病毒属(Cucumovirus)有3种确定病毒，即黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus，CMV)、花生矮化病毒(Peanut stunt virus，PSV)、番茄不孕病毒(Tomato aspermy virus，TAV)。代表种黄瓜花叶病毒有很宽的寄主范围，可侵染1000多种双子叶和单子叶植物，是我国十字花科、茄科、豆科及葫芦科蔬菜上最主要的病原病毒之一，也是烟草、香蕉、西番莲的重要病原，还有许多花卉、药用植物及野生杂草也受到该病毒侵染。目前，我国已从39个科的120多种植物上分离到该病毒。花生矮化病毒是2007年发布的《中华人民共和国进境植物检疫性有害生物名录》中的检疫性病毒。

由于本属具有潜在新发检疫性病毒的可能，同时存在着多种分组，特异性的抗血清及引物在检测鉴定已知病毒时容易出现漏检错检，而且也无法对本属内可能存在的未知病毒进行鉴定，从而导致危险性病毒传播扩散的可能性增加，造成经济损失和社会影响的风险增大。

目前用于黄瓜花叶病毒属病毒的检测方法包括生物学方法、免疫学方法、电子显微镜技术、分子生物学技术等，这些方法主要针对黄瓜花叶病毒属已知病毒进行特异性检测，对于未知的、新发的病毒的监测无能为力。

发明内容

本发明的目的是提供一种筛查黄瓜花叶病毒属病毒的芯片及其应用。

本发明所提供的筛查黄瓜花叶病毒属病毒的芯片，是在载体表面固定16种DNA片段阵列的DNA芯片，所述16种DNA片段阵列的核苷酸序列分别为序列表中的序中的序列1至序列16。

本发明的另一个目的是提供一种筛查黄瓜花叶病毒属病毒的方法。

本发明所提供的筛查黄瓜花叶病毒属病毒的方法，是用所述芯片进行表达检测植物中黄瓜花叶病毒属病毒。

本发明的筛查黄瓜花叶病毒属病毒的芯片中的探针具有黄瓜花叶病毒属属水平上的高兼容性和病毒属内的特异性，数小时内完成对待检样品中可能存在的新发病毒的筛查，所需的样品量极少，一般仅需0.1g。另外数据的分析与计算机图像处理软件相结合，达到分析结果能够直观化、可视化。

本发明采用生物信息学方法对黄瓜花叶病毒属的核苷酸序列进行分析，设计了该属的兼容性探针，标准毒源验证结果证明探针效果良好。本发明的筛查黄瓜花叶病毒属病毒的芯片可用于黄瓜花叶病毒属病毒检疫、植物病毒病的诊断或植物病毒鉴定。

附图说明

图1为黄瓜花叶病毒属病毒筛查芯片探针点阵(7×9)。

图2为应用TAV标准毒源验证黄瓜花叶病毒属筛查芯片的结果。

图3为应用CMV标准毒源验证黄瓜花叶病毒属筛查芯片的结果。

图4为筛查芯片灵敏度检测结果。

图5为PCR灵敏度检测结果。

具体实施方式

实施例1、筛查黄瓜花叶病毒属病毒的芯片

一、制备筛查黄瓜花叶病毒属病毒的芯片

1、属级高兼容性寡核苷酸探针的设计

1)从美国国立生物技术信息中心(NCBI)及国际病毒学分类委员会(ICTV)数据库下载黄瓜花叶病毒属全基因组及核酸序列数据用于设计探针。

2)分别使用病毒全基因组序列和全部核酸序列设计探针。使用全部核酸序列时需进行筛选，去除小于160bp长度的核酸序列。如果此病毒属全部核酸序列数目大于300，则使用NCBI的序列比对程序BLASTN对核酸序列去冗余，即如果某核酸序列90％以上长度与其他序列有95％相似度，则从数据库中删除此序列。

3)从NCBI RefSeq数据库下载全部植物mRNA序列数据、全部动物病毒基因组序列数据及能够感染植物的细菌基因组序列，用于做为探针设计的特异性数据库。