[发明专利]一种通过寡核苷酸多态性芯片识别基因型的方法

权利要求书

1、一种通过寡核苷酸多态性(SNP)芯片识别基因型的方法，其特征在于该方法包括以下步骤：

a)、对已定义模型的基因芯片中的光密度信号进行整理降维处理

将代表同一SNP的信号密度根据等位基因序列在探针上位置的不同和与探针结合的DNA正负链不同分为4个组，通过不同等位基因之间的对应信号密度相减变成两个组，再变成两维信号差值；两维信号差值为两组基因型信号对数差值的中位数；

b)、无指导性分类，用马氏距离初步判别基因型

将马氏距离与阈值比较、判别信号差值中位数的正负情况；其马氏距离为信号差值中位数到原点的马氏距离；

c)、有指导性分类，若初步判别不能确定基因型，则利用训练样本的信息进一步判别

包括不同基因型信号强度差均值、先验概率的计算及修正马氏距离的计算；根据最小修正马氏距离准则判断基因型。

2、如权利要求1所述的方法，其特征在于所述马氏距离计算使用的方差是由芯片中正链探针与负链探针数相等的SNP光信号对数值的均值计算得到。

3、如权利要求1所述的方法，其特征在于所述不同基因型信号强度差均值是通过统计现有基因样本的均值得到。

4、如权利要求1所述的方法，其特征在于先验概率为该基因型SNP在已知基因型训练集中所占比例。

5、如权利要求1所述的方法，其特征在于所述修正马氏距离是将一般马氏距离减去两倍的先验概率自然对数值得到。