[发明专利]带奇偶校验的信号组合编码DNA连接测序方法

权利要求书

1.一种带奇偶校验的信号组合编码的DNA连接测序方法，其特征在于针对某一种特定的 DNA测序探针，利用一组编码标记物和一种信号编码标记物状态的组合进行标记，对于 一批DNA测序探针，采用一组编码标记物状态结合信号编码标记物的不同组合方案进行 标记，制备一套带奇偶校验的信号组合编码的DNA测序探针，从而实现在检测时对不同 DNA测序探针的区分和鉴别：

A一套带奇偶校验的信号组合编码的DNA测序探针的制备：首先制备未标记的DNA 测序探针，每一种未标记的DNA测序探针由一个或多个测序碱基、一个或多个简并 碱基N或非严格配对碱基组成；测序碱基用于通过碱基互补配对法则测定待测DNA 中相应位置的碱基信息，简并碱基N为A、T、C、G四种碱基中的任意一个；完成 未标记的DNA测序探针的制备后，使用一组编码标记物和一种奇偶校验标记物对 DNA测序探针进行标记，由各种编码标记物“标记”或“不标记”两种状态的组合 对未标记的DNA测序探针中的每一种进行标记，每种组合对应一种DNA测序探针， 在对某一种DNA测序探针进行标记时，如所使用的组合中某一种编码标记物的状态 为“标记”，则使用该编码标记物标记该DNA测序探针，如果所使用的组合中该编 码标记物的状态为“不标记”，则不使用该编码标记物标记该DNA测序探针；同时 结合奇偶校验标记物，当标记的编码标记物个数为奇数个时，则不标记奇偶校验标记 物，当标记的编码标记物为偶数个时，则标记奇偶校验标记物；

B  利用上述一套带奇偶校验的信号组合编码的DNA测序探针的测序流程如下：

a.选取一条测序引物与待测的DNA模板依据碱基互补配对原理进行杂交；

b.向反应体系中加入上述的一套带奇偶校验的信号组合编码的DNA测序探针和 DNA连接酶及其反应体系，进行DNA连接反应；

c.完成DNA连接反应后，检测全部参与状态组合的标记物及奇偶校验标记物的信 号，判读编码标记物信号所处的状态，计算获得信号的编码标记物的数量，并利 用奇偶校验标记物的信号对该数值进行奇偶校验，如校验通过，根据全部编码标 记物状态的组合情况，确定发生连接反应的DNA测序探针的种类，从而确定该 测序探针上测序碱基的类型和排布，并最终确定被测DNA模板上对应位置的碱 基或碱基序列信息；

d.完成对标记物信号的检测后，移除DNA测序探针上的标记物；

e.重复上述步骤b-d直至DNA测序探针达到或超出待测DNA模板待测区域末端；

f.该测序引物与待测DNA模板变性分离，选取第二条测序引物；

g.重复上述步骤a-f，直至全部未知DNA模板的待测区域的全部序列信息得以确定。

2.根据权利要求1所述的带奇偶校验的信号组合编码的DNA连接测序方法，其特征在于所 述的多种标记物对未标记DNA测序探针进行组合标记，其方案是对同一DNA测序探针 分子同时标记一种或多种标记物，或者分别用不同的标记物标记同一种DNA测序探针的 不同分子，随后将上述不同测序探针分子混合。

3.根据权利要求1所述的带奇偶校验的信号组合编码的DNA连接测序方法，其特征在于所 述的测序引物是指一组只能和所有DNA模板的一段通用序列杂交的寡核苷酸片段，一组 测序引物在DNA模板上杂交区域彼此相差一个或数个碱基，能够在数轮测序反应中完成 对DNA模板全长的测序工作；测序模板上的通用序列，是在测序模板制备过程中通过连 接反应加入，或者在扩增过程中通过引物引入。

4.根据权利要求1所述的带奇偶校验的信号组合编码的DNA连接测序方法，其特征在于所 述的DNA模板是通过对待测的DNA片段通过DNA扩增技术增加基因组中感兴趣的目的 片段的量，扩增是单重的，即一次扩增一个目的片段，或者是多重的，即一次扩增多个目 的片段；所述的待测的DNA模板中的固定是通过化学或者物理方法固定于平面片基上， 或固定于“96孔板”、“384孔板”及各种修饰的珠子载体上。

5.根据权利要求1所述的带奇偶校验的信号组合编码的DNA连接测序方法，其特征在于所 述的连接反应，可以是自测序引物开始5’末端向3’末端的连接反应，也可以是3’末 端向5’末端的连接反应。