[发明专利]能够结合RNA帽的流感病毒PB2蛋白可溶性片段

权利要求书

1.可溶性多肽片段，其中所述多肽片段(i)来自流感病毒RNA依赖性RNA聚合酶亚基PB2或其变体，并且(ii)能够结合RNA帽或其类似物。

2.权利要求1的多肽片段，其中所述多肽片段被纯化至适于进行结晶的程度。

3.权利要求1或2的多肽片段，其中流感病毒RNA依赖性RNA聚合酶亚基PB2来自甲型、乙型或丙型流感病毒或其变体。

4.根据权利要求1至3任一项的多肽片段，其中

(i)N端与SEQ ID NO：1的PB2氨基酸序列中220位或更高位氨基酸相同或相对应，C端与其510位或更低位氨基酸相同或相对应，

(ii)N端与SEQ ID NO：2的PB2氨基酸序列的222位或更高位氨基酸相同或相对应，C端与其511位或更低位氨基酸相同或相对应，或者

(iii)N端与SEQ ID NO：3的PB2氨基酸序列的227位或更高位氨基酸相同或相对应，C端与其528位或更低位氨基酸相同或相对应，

以及以上的变体，其保留与RNA帽或其类似物相结合的能力。

5.根据权利要求4的多肽片段，其中所述多肽片段具有选自以下的氨基酸序列或者与其相对应：SEQ ID NO：4至13的氨基酸序列及其变体，其保留与RNA帽或其类似物相结合的能力。

6.包含权利要求1至5中任一项所述多肽片段以及RNA帽或其类似物的复合物。

7.根据权利要求6的复合物，其中所述帽类似物选自m⁷G、m⁷GMP、m⁷GTP、m⁷GpppG、m⁷GpppGm、m⁷GpppA、m⁷GpppAm、m⁷GpppC、m⁷GpppCm、m⁷GpppU和m⁷GpppUm。

8.根据权利要求6的复合物，其中所述多肽片段由SEQ ID NO：11的氨基酸序列组成，所述帽类似物是m⁷GTP，所述复合物具有如图18所示结构坐标定义的结构。

9.根据权利要求8的复合物，其中所述复合物具有空间群为C222₁的晶型，晶胞尺寸为a＝9.2nm，b＝9.4nm；c＝22.0nm(±0.3nm)。

10.根据权利要求8和9的复合物，其中所述晶体以为3.0埃或更高、优选2.4埃或更高的分辨率衍射X射线。

11.编码权利要求1至5中任一项所述分离多肽的分离的多核苷酸。

12.包含权利要求11所述分离多核苷酸的重组载体。

13.包含权利要求11所述分离多核苷酸或者权利要求12所述重组载体的重组宿主细胞。

14.鉴定与PB2的RNA帽结合口袋或者PB2多肽变体的结合口袋的全部或一部分相结合的化合物的方法，其包括下列步骤：

(a)构建如图18所示权利要求8所述复合物的结构坐标所定义的所述结合口袋的计算机模型；

(b)通过选自下列的方法选择潜在的结合化合物：

(i)将分子片段组装成所述化合物，

(ii)从小分子数据库中选择化合物，和

(iii)从头设计所述化合物的配体；

(c)利用计算工具进行所述化合物与所述结合口袋的计算机模型之间的拟合程序运算，以提供所述化合物在所述结合口袋中的能量最小化构型；以及

(d)评价所述拟合运算的结果，以对所述化合物与所述结合口袋模型之间的结合进行定量，由此评价所述化合物与所述结合口袋相结合的能力。

15.根据权利要求14的方法，其中所述结合口袋包含SEQ ID NO：1的PB2的氨基酸Phe323、His357和Phe404或与其相对应的氨基酸。

16.根据权利要求15的方法，其中所述结合口袋还包含SEQ ID NO：1的PB2的氨基酸Phe325、Phe330和Phe363或与其相对应的氨基酸。