[发明专利]用于基于溶液的序列富集和基因组区域分析的方法和系统

权利要求书

1.一种降低一组核酸分子遗传复杂度的方法，所述方法包含下列步骤：

(a)在杂交条件下将所述片段化变性核酸分子组与多种不同的寡核苷酸探针接触，然后将所述杂交分子复合物结合到固体载体，以捕获与所述探针特异性杂交的核酸分子，

其中所述片段化变性核酸分子平均大小约100到约1000个核苷酸残基，优选约250到约800个核苷酸残基，最优选约400到约600个核苷酸残基，

(b)从所捕获分子中分离未结合和非特异性杂交的核酸；

(c)从所述固体载体洗脱所捕获分子，以及

(d)可选地用所洗脱的捕获分子至少再重复一轮步骤(a)到(c)。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述多种不同的寡核苷酸探针各包含可结合于固体载体的化学基团或连接物。

3.根据权利要求1或2其中之一所述的方法，进一步包含：在步骤(a)之前或之后，将接头分子连接到所述核酸分子的一端或两端，优选地为两端的步骤。

4.根据权利要求3所述的方法，进一步包含用至少一种引物扩增所述核酸分子的步骤，所述引物包含与所述接头分子序列特异性杂交的序列。

5.根据权利要求1-4之一所述的方法，其中所述核酸分子组为一组基因组DNA分子。

6.根据权利要求1-5之一所述的方法，其中所述固体载体为核酸微阵列或者为一组珠子。

7.一种用于分离和降低多种核酸序列复杂度的方法，其包含：

a)提供：

i)固体载体，其中所述固体载体包含可与目标核酸序列杂交的杂交探针，

ii)包含目标核酸序列的核酸样品，

b)扩增所述杂交探针，其中扩增产物包含结合部分，且其中所述扩增产物保持在溶液中，

c)使所述核酸样品与溶液中的所述扩增产物杂交，使得允许所述扩增产物与目标核酸序列杂交，

d)通过所述结合部分，从非特异性杂交核酸中分离所述目标核酸/扩增产物杂交复合物，以及

e)从所述复合物洗脱所杂交的目标核酸序列，由此分离和降低多种核酸序列的复杂度。

8.根据权利要求7所述的方法，进一步包含对所洗脱的目标核酸序列测序。

9.根据权利要求7或8中任一权利要求所述的方法，其中所述固体载体为微阵列载玻片。

10.根据权利要求7-9中任一权利要求所述的方法，其中所述核酸样品为片段化基因组DNA样品。

11.根据权利要求10所述的方法，其中所述片段化基因组DNA样品在所述基因组DNA样品片段的一端或两端进一步包含接头分子。

12.根据权利要求7-11中任一权利要求所述的方法，其中所述杂交探针在所述探针的一端或两端进一步包含引物结合序列。

13.根据权利要求12所述的方法，其中所述引物结合序列当在所述探针两端存在时是相同的。

14.根据权利要求13所述的方法，其中所述引物结合序列当在所述探针两端存在时是不同的。

15.根据权利要求7-14中任一权利要求所述的方法，其中所述扩增包含指数聚合酶链反应。

16.根据权利要求15所述的方法，其中所述扩增进一步包含非对称聚合酶链反应。

17.根据权利要求7-16中任一权利要求所述的方法，其中所述结合部分为生物素结合部分。

18.根据权利要求17所述的方法，其中所述分离包含使所述生物素结合部分结合到链霉亲和素包被的基质。

19.根据权利要求18所述的方法，其中所述链霉亲和素包被的基质为链霉亲和素包被的顺磁颗粒。

20.根据权利要求7-19中任一权利要求所述的方法，进一步包含在洗脱之前洗涤所述分离的目标核酸/扩增产物杂交复合物。