[发明专利]作为用于乳腺癌风险评估、诊断、预后和治疗的标记的chr2和chr16的遗传性变型

权利要求书

1.在人类个体中确定乳腺癌的易感性的方法，包括确定至少一个多态标记的至少一个等位基因在从所述个体获得的核酸样品或源自所述个体的基因型数据集中存在或不存在，其中所述至少一个多态标记选自在表10、表15和表19任一个中列出的多态标记，和与它们连锁不平衡的标记，并且其中所述至少一个等位基因的存在表示所述个体对乳腺癌的易感性。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述至少一个多态标记位于具有如SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：5或SEQ ID NO：6中列出的序列的基因组区段内。

3.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述至少一个多态标记选自表10、表15和表19任一个中列出的标记。

4.根据前述权利要求任一项所述的方法，其中所述至少一个多态标记选自rs4848543(SEQ ID NO：1)、rs3803662(SEQ ID NO：3)和rs13387042(SEQ ID NO：2)。

5.根据前述权利要求任一项所述的方法，进一步包括在所述个体中评估至少一种单元型的频率。

6.前述权利要求任一项所述的方法，其中所述至少一个等位基因或单元型的存在赋予的易感性是增加的易感性。

7.根据权利要求6所述的方法，其中所述等位基因A在标记rs4848543中存在、等位基因T在标记rs3803662中存在和/或等位基因A在标记rs13387042中存在表示对乳腺癌的易感性增加。

8.根据权利要求6或7所述的方法，其中所述至少一个等位基因或单元型的存在表示对乳腺癌的易感性增加，其中相对危险度(RR)或优势比(OR)为至少1.20。

9.根据权利要求6或7所述的方法，其中所述至少一个等位基因或单元型的存在表示易感性增加，其中相对危险度(RR)或优势比(OR)为至少1.25。

10.根据权利要求1-5的任一项所述的方法，其中所述至少一个等位基因或单元型的存在赋予的易感性是降低的易感性。

11.前述权利要求任一项所述的方法，进一步包括分析包含来自人类个体的基因组DNA的样品或源自人类个体的基因型数据集中存在或不存在不与表10、表15和表19列出的标记的任何一个连锁不平衡的至少一个乳腺癌风险变体的至少一个风险等位基因。

12.权利要求1-9的任一项所述的方法，包括确定在至少两个多态标记中存在或不存在至少一个等位基因，其中在所述至少两个多态标记中存在至少一个等位基因表示对乳腺癌易感性增加。

13.根据前述权利要求任一项所述的方法，进一步包括确定在从所述个体获得的核酸样品中或在源自所述个体的基因型数据集中存在或不存在乳腺癌的至少一种高外显遗传因素的步骤。

14.根据权利要求13所述的方法，其中所述高外显遗传因素是BRCA2 999del5。

15.根据前述权利要求任一项所述的方法，进一步包括评估所述个体的雌激素受体或孕酮受体状态。

16.根据权利要求15所述的方法，其中在所述个体中雌激素受体阳性状态或孕酮受体阳性状态与乳腺癌风险增加相关联。

17.根据权利要求16所述的方法，其中所述乳腺癌风险增加与rs13387042等位基因A和/或rs3803662等位基因T以及与它们连锁不平衡的标记相关联。

18.前述权利要求任一项所述的方法，进一步包括分析非遗传信息以进行所述个体的风险评估、诊断或预后。

19.权利要求18所述的方法，其中所述非遗传信息选自龄、性别、种族、社会经济状况、前疾病诊断、患者病史、乳腺癌家族史、生化测量和/或临床测量。

20.权利要求11-19任一项所述的方法，进一步包括计算组合风险。