[发明专利]用 B A S P 1基因和 /或 S R D 5 A 2基因中的甲基化胞嘧啶检测肝癌、肝癌风险、肝癌复发风险、肝癌恶化和肝癌随时间进展的方法

权利要求书

1.对基因组DNA的BASP1基因和任选的SRD5A2基因的含甲基化 胞嘧啶的区域特异性的PCR引物对在制备用于检测BASP1基因和任选 的SRD5A2基因中含CpG序列的区域中的肝癌特异性甲基化胞嘧啶的 存在情况和／或量的方法中的试剂盒中的用途，其中所述方法包括下述 步骤(a)-(d)：

(a)从来自患者的样品分离基因组DNA；

(b)使用于化学处理或酶处理的试剂接触所述基因组DNA，以区分 甲基化胞嘧啶和非甲基化胞嘧啶；

(c)用PCR方法扩增所述基因组DNA的BASP1基因和任选的 SRD5A2基因的含甲基化胞嘧啶的区域；和

(d)测定来自所述患者的样品中的BASP1基因和任选的SRD5A2基 因中的含CpG序列的区域中的肝癌特异性甲基化胞嘧啶的存在情况和 ／或量；

其中所述患者样品中的BASP1基因和任选的SRD5A2基因中肝癌 特异性的甲基化胞嘧啶的存在和／或量是所述患者以下情况的指征：罹 患肝癌；肝癌风险增加；具有肝癌治疗后复发风险；具有恶性肝癌或 肝癌随时间进展。

2.对基因组DNA的至少BASP1和SPINT2基因、任选另外的 SRD5A2、CFTR、CCND2、APC和RASSF1基因之一的含甲基化胞嘧 啶的区域特异性的PCR引物对在制备用于指示患者以下情况的方法中 使用的试剂盒中的用途：罹患肝癌、肝癌风险增加、具有肝癌治疗后 复发风险、具有恶性肝癌或肝癌随时间进展，所述方法通过检测所述 患者样品中至少BASP1和SPINT2基因、任选另外的SRD5A2、CFTR 、CCND2、APC和RASSF1基因之一的含CpG序列区域中的肝癌特异 性甲基化胞嘧啶的存在情况和／或量来进行，其中所述方法包括以下步 骤(a)-(d)：

(a)从来自所述患者的样品分离基因组DNA；

(b)提供用于化学处理或酶处理所述基因组DNA的试剂，以区分甲 基化胞嘧啶和非甲基化胞嘧啶；

(c)用PCR方法扩增所述基因组DNA的至少BASP1和SPINT2基因、 任选另外的SRD5A2、CFTR、CCND2、APC和RASSF1基因之一的含 甲基化胞嘧啶的区域；和

(d)测定所述患者样品中至少BASP1和SPINT2基因、任选另外的 SRD5A2、CFTR、CCND2、APC和RASSF1基因之一的含CpG序列的 区域中的肝癌特异性甲基化胞嘧啶的存在情况和／或量。

3.权利要求1或2的用途，其中PCR引物对中的至少一个引物的核 苷酸序列与基因组DNA中的所述核苷酸序列在包含可经历甲基化的 胞嘧啶残基的区域处互补，并且当所述胞嘧啶甲基化时与所述基因组 DNA中的所述核苷酸序列特异性杂交。

4.权利要求1或2的用途，其中PCR引物对中的至少一个引物与不 含可经历甲基化的胞嘧啶残基的区域特异性杂交，并且同时使用用于 阻断由所述PCR引物所进行的扩增的寡核苷酸，其中所述寡核苷酸与 所述PCR引物的核苷酸序列部分地重叠，且在其它部分与所述基因组 DNA的核苷酸序列在包含可经历甲基化的胞嘧啶残基的区域处互补， 当所述胞嘧啶未甲基化时，所述寡核苷酸可与所述基因组DNA的所述 核苷酸序列特异性杂交。

5.权利要求1或2的用途，其中PCR引物对可与不含可经历甲基化 的胞嘧啶残基的基因组DNA核苷酸序列至少在其3′-端处特异性杂交， 并通过序列分析或通过质谱来实施步骤(d)的产物中甲基化胞嘧啶的 存在情况和／或量的测定。

6.权利要求1或2的用途，其中通过给所述基因组DNA提供用于 使未甲基化的胞嘧啶转化为尿嘧啶的试剂来实施步骤(b)的化学处理， 以使所述DNA的几乎所有未甲基化的胞嘧啶都转化为尿嘧啶。

7.权利要求1或2的用途，其中同时测定所述样品中常用的肿瘤 标记蛋白的浓度值和／或自由浮动DNA的量。

8.权利要求7的用途，其中所述常用的肿瘤标记蛋白是AFP和／ 或PIVKA-II。

9.权利要求1或2的用途，其中肝癌为早期肝癌。