[发明专利]诊断、预后或监测EB病毒(EBV)相关癌症的方法和试剂盒

说明书

发明领域

本发明通常涉及通过检测和/或定量肿瘤相关DNA序列诊断、预后 或监测个体癌症的方法和试剂盒。具体来说，本发明涉及通过检测和/或 定量尿中EBV DNA序列诊断、预后或监测EB病毒(Epstein-Barr virus， EBV)相关癌症的方法和试剂盒。

发明背景

EB病毒(EBV)是普遍存在的人类疱疹病毒，首先发现其与非洲型 伯基特氏淋巴瘤(Burkitt’s lymphoma，BL)相关。随后，还发现EBV感 染与鼻咽癌(nasopharyngeal carcinoma，NPC)密切相关。

已经证明，可以在采集于中国南方的几乎所有NPC组织中检测到 EBV基因组(Chen et al.，Intervirology.36(2)：91-8(1993)；Dickens et al.， J Clin Pathol.45(5)：396-7(1992))。与这些结果一致，我们已经证明， 可以在96％NPC患者的血浆中检测到EBV DNA，但仅在7％的健康 个体中检测到非常低浓度的EBV DNA(Lo et al.，Cancer Res. 59(6)：1188-91(1999))。而且，血浆EBV DNA的水平，无论是治疗前 测量的(Lo et al.，Cancer Res.60(24)：6878-81(2000))，或治疗后测量的 (Chan et al.，J Natl Cancer Inst.94(21)：1614-9(2002))，都对预测总生存 率和无病生存率是有价值的。同样，循环的EBV DNA也可用于检测 和监测其他EBV相关恶性肿瘤，如淋巴瘤(Lei et al.，Br J Haematol. 111(1)：239-46(2000))和胃癌(Lo et al.，Clin Cancer Res.7(7)：1856-9 (2001))。

尽管这种血浆检验(plasma test)可用于检测NPC，且是相对无风险 的操作，但它仍然导致患者的疼痛和焦虑。然而，本领域并未公开尿 样中短EBV相关核酸序列的检测和定量以及其用途。因此，需要开发 诊断、预后和/或监测EBV相关癌症的替代检验。

发明概述

我们令人惊讶地发现，循环的无细胞EB病毒(EBV)DNA可穿过 肾屏障，并且作为NPC和其他EBV相关恶性肿瘤的肿瘤标志，可在 尿中检测到。

本发明的第一方面提供了诊断个体EBV相关癌症的方法。所述方 法包括：

(a)获得个体的尿样；以及

(b)检测尿样中EBV相关核酸序列，

其中尿样中存在EBV相关核酸序列，表示个体患有EBV相关癌 症。

本发明的第二方面提供了用于个体EBV相关癌症预后的方法。所 述方法包括：

(a)获得个体的尿样；以及

(b)检测尿样中EBV相关核酸序列，

其中尿样中存在EBV相关核酸序列，表示EBV相关癌症的不良 预后。

本发明的第三方面提供了监测个体EBV相关癌症的方法。所述方 法包括：

(a)获得不同时间点的个体尿样；以及

(b)检测和/或定量尿样中EBV相关核酸序列，

其中尿样中存在EBV相关核酸序列或EBV相关核酸序列水平升 高，表示EBV相关癌症的进展，而尿样中缺少EBV相关核酸序列或 EBV相关核酸序列水平降低则表示EBV相关癌症的抑制。

在本发明方法的具体实施方案中，在EBV相关癌症的治疗过程中 进行步骤(a)，尿样中缺少EBV相关核酸序列或EBV相关核酸序列水 平降低，表示治疗有效。

在本发明优选的实施方案中，上述方法还包括分析尿样中EBV相 关核酸序列大小的步骤以排除假阳性情况。在这些情况中，尿样中检 测和/或定量的EBV相关核酸序列可能不是来自循环的EBV相关核酸 片段，且是相对完整的。

在本发明优选的实施方案中，上述EBV相关核酸序列来自EBV 基因组BamHI-W区的至少一个DNA片段或其至少一个RNA转录本。 优选地，DNA片段或RNA转录本小于180个核苷酸。

本发明的第四方面提供了用于个体EBV相关癌症诊断或预后的 试剂盒。所述试剂盒包含：

a)用于从个体尿样中提取核酸的第一单元；以及