[发明专利]描述蛋白质的构象和根据折叠、整体形状与结构序列对其进行评价的方法、系统及装置有效
| 申请号: | 200880003164.2 | 申请日: | 2008-01-30 |
| 公开(公告)号: | CN101647022A | 公开(公告)日: | 2010-02-10 |
| 发明(设计)人: | 杨家安 | 申请(专利权)人: | 桑迪亚医药技术(上海)有限责任公司 |
| 主分类号: | G06F19/00 | 分类号: | G06F19/00 |
| 代理公司: | 上海新天专利代理有限公司 | 代理人: | 王 巍 |
| 地址: | 201203中国上海市浦*** | 国省代码: | 上海;31 |
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| 摘要: | |||
| 搜索关键词: | 描述 蛋白质 构象 根据 折叠 整体 形状 结构 序列 进行 评价 方法 系统 装置 | ||
1.描述蛋白质的构象和根据折叠、整体形状与结构序列进行蛋白质确认分析的 方法,其特征在于,该方法通过计算机完成以下步骤:
A、取蛋白质中每五个连续的氨基酸作为一个基本单元,以及每个氨基酸的 α-碳原子;
B、计算每一个基本单元中的第一个二面角,该二面角是第一,第二和第三 个氨基酸决定的第一个平面以及第二,第三和第四个氨基酸决定的第二个平面之 间的平面夹角;所述二面角的角度大小一定属于a1,a2或者a3所确定的角度范 围之一;
C、计算每一个基本单元中的第二个二面角,所述二面角是第二,第三和第 四个氨基酸决定的第一个平面以及第三,第四和第五个氨基酸决定的第二个平 面之间的平面夹角;所述二面角的角度大小一定属于b1,b2或者b3所确定的的 角度范围之一;
D、计算由第一和第五个氨基酸之间决定的的伸张距离;所述伸张距离的 大小数值一定属于c1,c2或者c3所确定的的距离范围之一;
E、依据步骤B,C和D所得到的数值确定需要描述的五个连续的氨基酸的 基本单元的向量,描述蛋白质构形;F、依据步骤E描述蛋白质构形进行蛋白质 确认分析;
所述a1从0°到130°,a2从+130°到-130°,a3从-130°到0°;b1从0° 到130°,b2从+130°到-130°,b3从-130°到0°;c1从0到c2从到c3大于
2.根据权利要求1的方法,其特征在于,所述a1、a2、a3、b1、b2、b3、 c1、c2、c3参数可替换为:a1从0°到130°,a2从大于130°到180°和-180° 到-130°,a3从-130°到0°;b1从0°到130°,b2从+130°到-130°,b3从-130° 到0°;c1从0到c2从到c3大于
3.如权利要求1或2所述描述蛋白质的构象和根据折叠、整体形状与结构序列 进行蛋白质确认分析的方法在制备药物中的应用。
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