[发明专利]彩虹明樱蛤的简单重复序列引物

说明书

技术领域

本发明涉及一组用于种质鉴定与评价和遗传结构分析的引物，特别是一组 应用于彩虹明樱蛤的种质鉴定与评价和遗传结构分析的简单重复序列引物。

背景技术

目前常用来进行评价生物遗传多样性和种质鉴定的分子标记均具有一定 程度的缺陷，如RAPD技术(随机扩增序列多态性DNA，Random amplified polymorphic DNA)，常因RAPD引物过短10个碱基、退火温度过低一般 36-37℃，导致扩增产物的一些非特异结果，其可靠程度和真实性是主要的缺 陷；而AFLP技术(扩增片段长度多态性，Amplified fragment length polymorphism)，又因操作条件复杂如要求酶切、成本相对较高而限制了其广 泛的应用。

内部简单重复序列即ISSR(Inter-simple sequence repeat)，是一种新兴的分 子标记技术。ISSR—PCR技术最早是Zietkiewiez(1994)提出的一种简单重复序 列间扩增多态性分子标记。它是以PCR技术为基础，利用真核生物基因组中广 泛存在的简单串联重复，即SSR(simple sequence repeat)来设计引物，无需 预先克隆和测序，从而对位于反向排列、间隔不太大的重复序列间的基因组 片段进行PCR扩增，扩增产物经电泳分离获得多态性图谱。ISSR又依引物在5’ 或3’端加锚定碱基与否而分为锚定简单重复序列间扩增(anchored inter-simple sequence repeat，ASSR)和非锚定简单重复序列间扩增(Nonanchored inter simple sequence repeat)，亦称MP—PCR(microsatellite primed PCR) (P.Boudry，2002)。ASSR的引物是由2～4个核苷酸组成的简单串联重复序列和 5’或3’端锚定的1～3个选择性碱基两部分组成，这样保证了引物与基因组DNA 中特定SSR的5’或3’端结合，从而进行PCR扩增；ISSR技术则正好克服了 RAPD和AFLP技术的这些缺点，具有很好的应用价值。

目前ISSR分子标记在植物上应用较为广泛，在动物上也有少量应用于，但 作为贝类的彩虹明樱蛤尚未有ISSR分子标记的开发与应用。

发明内容

本发明所要解决的技术问题是针对现有技术的不足，提供一种用于彩虹明 樱蛤的简单重复序列引物，该引物可克服现有技术引物过短，退火温度低， 操作条件复杂，成本高的缺陷。

本发明所要解决的技术问题是通过以下的技术方案来实现的。本发明是彩 虹明樱蛤的简单重复序列引物，其特点是，它是以下表一所述的10条引物序 列构成的引物组：

               表一 彩虹明樱蛤的ISSR引物组

以上所述的引物组中R和Y为简并引物序列，其中R＝A/G，Y＝C/T。

以下对发明人所作的研究试验进行阐述。

一、样本采集。

采集海州湾(连云港)和杭州湾沿岸(南岸为慈溪群体，北岸为平湖乍浦) 野生彩虹明樱蛤样本三个群体，每群体各随机选取30只作为本研究。

二、提取彩虹明樱蛤的基因组DNA。