[发明专利]处理蛋白质肽数据的方法和系统

权利要求书

1.一种处理从供分析的健康样本或病理样本获得的蛋白质肽数据 的方法，该方法包括以下步骤：

(a)提供代表输入数据集的肽序列列表和相关辅助信息；

(b)通过除去所述肽序列列表中的肽序列冗余而从所述输入数 据集编辑新的肽序列列表，所述新的肽序列列表代表肽数据集；和

(c)将源自同一蛋白的肽数据集的成员分组在一起，由此生成 蛋白质数据集。

2.根据权利要求1的方法，其中所述辅助信息包括以下至少一种： 对应的度量值、源蛋白质、所述肽的物理化学性质、所述肽在所述 蛋白质序列中的偏移。

3.根据权利要求1或2的方法，其中在步骤(b)中，在所述新的 肽序列列表中用单一项代表肽冗余。

4.根据权利要求3的方法，其中通过考虑全部冗余肽序列的所述 对应值来计算所述单一项的肽度量值。

5.根据前述权利要求中任一项的方法，其中步骤(c)包括基于每 种蛋白质的每个肽的测量值来计算每种蛋白质的总蛋白质度量。

6.根据前述权利要求中任一项的方法，其还包括将所述输入数据 集、蛋白质数据集和肽数据集存储在关系型数据库中。

7.根据权利要求6的方法，其中将每个肽序列映射至一个唯一编 号，并且一种蛋白质的肽的所述唯一编号之总和为每种蛋白质提供 唯一识别编号。

8.根据权利要求7的方法，其中基于所述唯一识别编号来分组。

9.根据前述权利要求中任一项的方法，还包括使所述数据集中的 至少一些数据集直观化。

10.根据前述权利要求中任一项的方法，还包括：

确定蛋白质数据集内共用相同肽的蛋白质并将其分组，由此形 成蛋白质分组数据集，并由此检测所述蛋白质集中的冗余。

11.一种方法，其包括以下步骤：

(a)提供与健康或病理组织相关的至少两个肽数据集或蛋白质 数据集；

(b)合并所述肽数据集或蛋白质数据集以生成复合数据集；和

(c)输出所述复合数据集。

12.根据权利要求11的方法，其中将健康组织的肽数据集或蛋白质 数据集与健康组织的其它肽数据集或蛋白质数据集合并。

13.根据权利要求11的方法，其中将病理组织的肽数据集或蛋白质 数据集与病理组织的其它肽数据集或蛋白质数据集合并。

14.根据权利要求11的方法，其中将健康组织的肽数据集或蛋白质 数据集与病理组织的肽数据集或蛋白质数据集合并。

15.根据权利要求11～14中任一项的方法，其中根据布尔运算规则 及其组合来实施步骤(b)中的所述合并。

16.根据权利要求11～15中任一项的方法，其中在合并步骤中，计 算每个成员蛋白质或成员肽的所述各种度量以包括来自每个原始 数据集的贡献。

17.根据权利要求11～16中任一项的方法，还包括将第一复合数据 集与至少一个其它复合数据集合并以生成更高等级的复合数据集。

18.根据权利要求11～17中任一项的方法，其中通过以下步骤获得 所述肽数据集：提供代表输入数据集的肽序列列表和相关辅助信 息；和通过除去所述肽序列列表中的肽序列冗余而从所述输入数据 集编辑新的肽序列列表，所述新的肽序列列表代表肽数据集。

19.根据权利要求11～17中任一项的方法，其中通过以下步骤获得 所述蛋白质数据集：提供代表输入数据集的肽序列列表和相关辅助 信息；通过除去所述肽序列列表中的肽序列冗余而从所述输入数据 集编辑新的肽序列列表，所述新的肽序列列表代表肽数据集；和将 源自相同蛋白质的肽数据集成员分组在一起，由此生成蛋白质数据 集。