[发明专利]猪SIM1基因及其作为猪生产性状的遗传标记

说明书

技术领域

本发明属于猪的分子生物学领域，涉及猪SIM1(single minded1)基因的克隆和测序以及单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)的检测方法，特别地，涉及一种猪SIM1基因及其作为猪生产性状的遗传标记。

背景技术

随着人民生活水平的提高，猪肉品质已引起了生产者和消费者更大的关注，因而，肉质性状的改良也逐渐被育种工作者所重视。脂肪性状是肉质性状的一个重要指标，常用背膘厚度来表示。降低背膘厚度可以增加瘦肉率，可适应消费需求，增加经济效益。通过研究与脂肪性状相关的基因，利用基因型选择来降低背膘厚度，是肉质性状改良的有效途径。

SIM1(Single-minded 1)基因是果蝇SIM基因的同系物，它在中枢神经系统的中线细胞系统中扮演着重要角色(Crews et al.1988)。包括在人、鼠和斑马鱼等很多物种中SIM基因的同系物都已经成功分离获得(Ema et al.1996；Chrast et al.1997；Wen et al.2002)，人的该基因被定位于6号染色体长臂，鼠的该基因被定位于20号染色体长臂(http://www.informatics.jax.org/searches/homology_form.shtml)。SIM蛋白是bHLH-PAS(basic helix-loop-helix+period，aryI hydrocarbon receptor，Single-minded)转录因子家族成员之一，研究表明该家族基因编码产生碱性螺旋-环-螺旋转录子，是决定神经细胞分化的功能基因(Holder et al.2000)。在哺乳动物中，SIM1基因主要在中枢神经系统和发育的肝脏组织中表达，并且对于下丘脑视旁核(PVN)的形成至关重要。下丘脑视旁核所控制的神经内分泌细胞对机体一些生理变化的作用相当关键，例如能量平衡和血压等。SIM1敲除基因的小鼠功能缺失实验表明该基因对于下丘脑视旁核神经元的分化非常重要(Michaud et al.1998)，缺少SIM1，几乎所有的下丘脑视旁核神经元的发育都将受阻并且SIM1基因突变可导致人与鼠的采食量和体脂的增加(Michaudetal.1998，Monica C et al.2006)。相对于以上研究，开展猪SIM1基因的研究，揭示SIM1基因对猪生长，脂肪性状和肉质性状的影响具有重要意义。

发明内容

本发明的目的在于针对现有技术的不足，提供一种猪SIM1基因及其作为猪生产性状的遗传标记。获得猪SIM1基因(DNA)后，通过序列比较分析获得单核苷酸多态性；据此建立适宜的单核苷酸多态分型方法，为猪的生长性状、脂肪性状和肉质性状的标记辅助选择提供有用的分子标记。

本发明通过以下技术方案实现：

一种猪SIM1基因，它具有SEQ ID No.1或SEQ ID No.2的序列。

一种猪生产性状的遗传标记，它是猪SIM1基因。

一种猪生产性状的遗传标记的分子标记方法，包括以下步骤：

(1)从猪血液中提取基因组DNA，根据人和鼠SIM1同源序列设计引物SEQ IDNo.3和SEQ ID No.4；

(2)进行PCR扩增获得猪SIM1基因序列SEQ ID No.1和SEQ ID No.2；

(3)基于所述步骤(2)获得的猪SIM1基因序列设计引物SEQ ID No.5和SEQ IDNo.6用于PCR-SSCP分型检测一碱基突变834G-834A。

本发明的有益效果是：本发明的基因标记可用于不同猪品种的SIM1基因多态性分析，以及研究基因与猪生长性状、脂肪性状和肉质性状的关系。

附图说明

图1为金华猪和大白猪SIM1基因序列比较示意图；

图2为猪SIM1基因PCR-SSCP不同带型对应的SNP示意图；

图3为猪SIM1同源扩增产物部分序列与人鼠SIM1外显子序列比对结果示意图。

具体实施方式