[发明专利]一种放射性肺炎相关基因ATM和P53及其多态性位点和应用

说明书

技术领域

本发明涉及生物技术的基因领域，具体地说，本发明涉及一种与放射性肺炎相关的基因ATM和P53及其多态位点和应用。

背景技术

在我国，肺癌是一种十分常见的恶性肿瘤。放射治疗是一种已被广泛应用的有效的肺癌治疗手段。以三维适形放疗和调强放疗为代表的图形制导技术已经大大提高了肺癌的控制效果，同时降低了其毒性。虽然如此，放射野内肿瘤邻近或周围的正常肺组织由于辐射受到损伤，从而导致放射性肺炎的发生。在放射性肺炎患者中，轻者无症状，炎症可自行消散；重者肺脏发生广泛纤维化，导致呼吸功能损害，甚至呼吸衰竭。回顾性研究表明，放射性肺炎发生率高达15-36％。因此，确定导致放射性肺炎的病因，建立有效的防治方法，以成为临床急需解决的重要课题。

研究表明，包括肺剂量、肺接收容积＞20Gy和化疗等在内的众多临床因素与放射性肺炎的发生相关。然而，即使两个临床治疗完全相同的肺癌患者，其放射性肺炎发生情况并不相同。这提示我们，个体内在的遗传因素通过影响个体放射敏感性从而影响了疾病的发生。辐射可诱发细胞的DNA损伤，与此相对应，细胞内存在修复这种损伤DNA的损伤修复系统。其中，DNA双链断裂修复被认为是参与修复辐射诱发的DNA损伤最重要的通路。ATM和P53蛋白是该通路中的重要功能分子。

单核苷酸多态(SNP)，属于DNA多态性的一种，指DNA序列中发生频率大于1％的单碱基变异，包括单碱基转换、颠换、插入或缺失等变化。由于在人类基因组中，三、四等位基因(allele)形式的SNP非常罕见，因此SNP也简单指双等位基因，其两个不同等位基因的组合称为基因型(genotype)。SNP数目众多，在人类基因组中可能每1000bp就存在一个，具有高密度、高遗传稳定性和易于自动化检测等优点，成为继第一代限制性片段长度多态性标记和第二代微卫星标记后的第三代基因遗传标记。SNP作为一种常见的遗传变异，可导致个体表型的差异以及不同个体对疾病，特别是复杂疾病的易感性，以及对环境因素和药物及治疗反应的差异。根据在基因中所处位置的不同，SNP可以分为编码区SNP和非编码区SNP。前者又分为两种，一种为同义cSNP，它所导致的碱基改变并不影响蛋白质的氨基酸序列；另一种为非同义cSNP，指碱基序列的改变可导致氨基酸序列的改变，从而影响蛋白质的功能。在非编码区SNP中，如果SNP存在于基因的调控区，并引起基因表达水平的改变或者mRNA的稳定性及翻译过程的变化，可能导致表型的改变甚至疾病的发生。

ATM基因的-111G→A单核苷酸多态位于基因的启动子区，可能影响mRNA的转录以及相应蛋白质的表达。P53基因编码区中Arg72Pro的功能性单核苷酸多态，可导致细胞的凋亡水平和DNA修复能力的不同。由于单核苷酸多态引起的上述两基因的表达或功能异常导致不同个体间DNA修复能力的差别，并与包括肺癌在内的多种肿瘤密切相关。因此，对以上两个SNP的分析可能有助于放射性肺炎发生的预测。

发明内容

本发明所要解决的技术问题在于，克服上述现有技术的缺陷而提供一种放射性肺炎相关基因ATM和P53及其多态性位点和应用。

为实现上述目的，本发明采取以下设计方案：

一种检测ATM基因的单核苷酸多态性的方法，包括以下步骤：

确定在ATM基因的8EQ ID No：1所示序列的第302位SNPrs189037的核苷酸；检测在所述位点是否存在单核苷酸多态性，即在第302位的基因型为GA或AA。

优选地，确定在P53基因的SEQ ID No：2所示序列的第301位SNP rs1042522的核苷酸；检测在所述位置是否存在单核苷酸多态性，即在第301位的基因型为Arg/Arg。

本发明还涉及一种分离核酸，其具有SEQ ID No：1所示的序列，且第302位的基因型为GA或AA，优选地，具有SEQ ID No：2所示序列，且第301位的基因型为Arg/Arg。

另外，本发明还涉及一种检测放射性肺炎易感性的试剂盒，包括检测ATM基因SEQ ID No：1中第302位SNP的特异性引物，以及检测该SNP位点的限制性内切酶。优选地，包括检测P53基因SEQ IDNo：2中第301位SNP的特异性引物，以及检测该SNP位点的限制性内切酶。其中，所述限制性内切酶为Cfr42 I或Sac II或Bsh1236 I或Bstu I。