[发明专利]制备Romidepsin

说明书

相关申请

按照35 U.S.C.§119(e)，本申请要求U.S.临时专利申请U.S.S.N. 60/882,712的优先权，该临时专利申请是于2006年12月29日提交的， 其引入本文以供参考。

发明背景

Romidepsin是一种天然产物，是由Fujisawa Pharmaceuticals从紫 色色杆菌(Chromobacterium violaceum)中分离出来的。参见出版的日本 专利申请Hei 7(1995)-64872；于1990年12月11日公布的U.S.专利 4,977,138，其分别引入本文以供参考。其由4个氨基酸残基(D-缬氨酸、 D-半胱氨酸、dehydrobutyrine和L-缬氨酸)和一种新的酸(3-羟基-7-巯基 -4-庚烯酸)组成的二环肽。Romidepsin是含有酰胺和酯键的酯肽。除了 使用发酵由紫色色杆菌(C.violaceum)生产以外，romidepsin还可以通过 合成或半合成方法来制备。Kahn等人报道的romidepsin的全合成涉及 14个步骤，并且以18％的总收率获得了romidepsin。J.Am.Chem.Soc. 118：7237-7238，1996。romidepsin的结构如下所示：

Romidepsin已经显示具有抗微生物、免疫抑制或抗肿瘤活性。目 前正对Romidpesin进行测试，例如用于治疗患有血液学恶性肿瘤(例如 皮肤T-细胞淋巴瘤(CTCL)、周围T-细胞淋巴瘤(PTCL)、多发性骨髓瘤 等)和实体瘤(例如前列腺癌、胰腺癌等)的患者。据信其通过选择性抑 制脱乙酰酶(例如组蛋白脱乙酰酶、微管蛋白脱乙酰酶)而起作用，给开 发一类新的抗癌治疗提供了新的靶目标。Nakajima等人，Experimental Cell Res.241：126-133，1998。一种作用模式涉及抑制一类或多类脱乙 酰酶(HDAC)。

组蛋白脱乙酰酶是一种在其活性位点具有锌的金属脱乙酰化酶。 Finnin等人，Nature，401：188-193，1999。据信该酶通过调节乙酰化 组蛋白对DNA的亲和力来调控一些基因的表达。组蛋白的乙酰化是通 过乙酰化与脱乙酰化之间的平衡而控制的。组蛋白的乙酰化在组蛋白 的赖氨酸残基上发生。赖氨酸残基的乙酰化引起蛋白失去某些其正电 荷，由此降低与DNA的相互作用。已经发现，Romidepsin引起处理的 细胞中组蛋白和其他调控蛋白的乙酰化增加。这影响了涉及细胞周期 控制、分化和凋亡的各种基因的转录控制。最近，已经发现HDAC抑 制剂可用于自噬的控制。

除了romidepsin以外，已经制备和研究了多种不同衍生物。下面 的专利和专利申请描述了romidepsin的各种衍生物：U.S.专利 6,548,479；WO 05/0209134；WO 05/058298；和WO 06/129105；每一 专利都引入本文以供参考。

在考虑将romidepsin用作药物活性剂时，需要以成本有效方式制 备大量高纯化材料。已经报道了从发酵肉汤中纯化romidepsin的不同 方法。U.S.专利4,977,138；国际PCT申请WO 02/20817；每一专利都 引入本文以供参考。例如，WO 02/20817描述了通过向培养基中加入 特定氨基酸例如L-半胱氨酸来提高发酵方法中romidepsin的收率。虽 然这样的发明已经提高了通过发酵来制备romidepsin的收率，但是仍 然需要为了研究和医药用途而制备大量纯romidepsin的更好方法。

发明概述

本发明是基于以下认识：已经公开的分离romidepsin的方法不能 可再现地获得纯romidepsin，特别是，不含污染物例如二聚、低聚或聚 合romidepsin的romidepsin。基于该认识，本发明提供了用于在降低这 些污染性副产物水平的条件下可再现地制备romidepsin的系统。已经 发现，在低于大约6.5，更优选低于大约6.0的表观pH下生产、纯化 和/或贮存romidepsin，防止了二聚、低聚或聚合romidepsin的形成。 romidepsin纯化方法中的此改善提供了比常规方法更高的romidepsin 收率和/或更高的romidepsin纯度。这一改善可特别用于制备在人类中 使用的药物级的romidepsin。