[发明专利]T细胞表位数据库

说明书

本发明涉及用于快速询问蛋白序列的T细胞表位存在的T细胞表位数 据库、特别是辅助性T细胞表位数据库。本发明包括T细胞表位(包括用 测试肽通过先体外后体内(ex vivo)T细胞测定特别鉴定的表位)的全部或 部分数据库和数据结构，并且包括通过外推来自测试肽的数据而鉴定的T 细胞表位。本发明还包括用来确定肽的T细胞表位活性以随后包括 (inclusion)在数据库和数据结构中的高通量方法，所述方法包括其中为最大 化T细胞表位活性检测的灵敏性而从T细胞测定中去除或抑制T细胞亚型 (特别是调节T细胞)的方法。

对于施用于人的药物蛋白，通过形成对药物蛋白的抗体显现出的免疫 原性有时限制了药物蛋白在人中的有效性和安全性。大多数情况下，免疫 原性可能涉及由衍生自药物蛋白的肽呈递于MHC II类而引起的辅助性T 细胞表位和随后通过此类T细胞上的T细胞受体识别肽-MHC II类复合体 的辅助性T细胞的活化。辅助性T细胞表位参与免疫原性的证据包括其中 检测到IgG同种型的抗体的免疫原性的临床案例，说明了辅助性T细胞诱 导的Ig类别转换。因此，T细胞表位被认为是对药物蛋白的免疫原性的重 要驱动因素(driver)，从而高度期望测定药物蛋白中的此类T细胞表位(特 别是在人类测试前)，其中此类表位的存在可能是免疫原性的重要预测因 素(predictor)，并且因此是进行此类临床试验或在此类试验的设计中的因 素。

目前测定T细胞表位的方法包括计算机芯片(in silico)方法、体外方法、 先体外后体内方法以及体内方法。计算机芯片方法一般涉及肽与MHC分 子的结合，并且一般试图模拟肽与MHC分子的体外结合。计算机芯片方 法的范围从基于结合MHC的肽序列基序的方法到包括肽结合到MHC分 子的计算机建模的方法。对于MHC II类，计算机芯片方法主要限于 HLA-DR，其中DR分子的同型二聚体参与肽的结合。用于肽结合到 HLA-DQ和HLA-DP的计算机芯片方法通常精确性低得多或者不可用，原 因是DQ和DP结合的异源二聚体(heterodomeric)本质以及体外MHC结 合数据更有限的可用性。体外方法一般测定肽与MHC分子的物理结合， 一般使用可溶性或溶解的MHC分子和标记或标签化的肽。先体外后体内 测定一般使用血样通过增殖或通过细胞因子释放来测定辅助性T细胞对肽 的响应。体内测定一般使用小鼠，其中在注射肽后测定辅助性T细胞对肽 的响应，或者其中测定作为辅助性T细胞响应的间接指示(indicator)的随后 抗体对肽的响应。非鼠T细胞表位(如人T细胞表位)的体内测定一般使 用由注射人血细胞到SCID小鼠产生的具有重建免疫系统的小鼠或者具有 人MHC II类转基因并且通过呈递于人MHC II类而引起T细胞响应的小 鼠。

尽管计算机芯片方法带来对肽结合到MHC II类的潜在快速的预测， 但是它们不能精确测定辅助性T细胞表位，所述精确测定需要除肽-MHC 结合外的其它步骤，包括非耐受T细胞的存在、T细胞受体对肽-MHC复 合体的识别、特定细胞因子的存在和共刺激分子的相互作用。因此，计算 机芯片方法总是过度预测(over-predict)T细胞表位的存在，并且此外又 不能精确预测HLA-DQ/DP限制的辅助性T细胞表位。此外，通过只预测 MHC II类的结合，计算机芯片方法没有考虑T细胞对某些MHC结合肽(特 别是“自身”肽)的耐受性或无响应性。相似地，包括肽与MHC II类的物 理结合或T细胞受体与肽-MHC复合体的结合的体外方法没有考虑T细胞 对肽-MHC复合体的耐受性或T细胞对肽-MHC复合体反应性的缺乏。此 外，此类方法慢，并且不能提供对T细胞表位的实时测定。尽管先体外后 体内和体内方法提供了测定T细胞表位最严格的方法，但是这些方法没有 提供对T细胞表位的实时测定，并且需要专业技术方法或特定的动物品系。 因此需要实时并且使用简单的测定T细胞表位的新方法。