[发明专利]试样数据可靠性评价方法和试样数据可靠性评价装置

说明书

技术领域

本发明涉及用于区分试样的试样数据的可靠性评价和试样数据的品质管理。

背景技术

在取自生物的试样的多态分析中，根据试样浓度和有无阻碍物质等，每个试样进行多态识别反应的进行速度不同。因此就在多态分析中得到分布很广的多态性数据。

以往，对于试样的信号都使用统计学方法和遗传学方法进行多态分析。

但是，特别是在关于基因多态性的多态分析中，由于具有在数百个试样中仅存在几个试样这样的频率少的多态性，因此，利用以前的统计学方法统计出的统计量有时并没有意义。

因此，在关于基因多态性的多态分析时，一般都是利用哈代温伯格平衡来在遗传统计学上评价该多态分析中得到的多态性数据的可靠性。此外，作为评价在关于基因多态性的多态分析中得到的多态性数据的可靠性的技术，非专利文献1已予以公开。具体地说，在非专利文献1中公开的评价指标“CSS”中利用每个组的统计值。

但是，在这些现有的评价方法中，其前提都是将从已进行了随机交配的群体中采样的试样中得到的多态性数据来作为评价对象，因此，从例如家族系谱试样和患者试样等偏于一方抽样的试样中得到的多态性数据，就不适合作为评价对象。此外，在如图10所示的例如将基因型“BB”只有1个的多晶型多态性数据作为评价对象的情况下，由于不能得到与基因“BB”的组相对应的分散和平均，因此，在上述的现有评价方法中就难以计算出评价值。

即，在未进行随机交配的群体或者有关基因多态性的多态分析中得到了包含有频率少的多态性的多态性数据的情况下，用现有的评价方法难以评价这种多态性数据的可靠性。

因此，在现有技术中就依靠熟练的操作人员主观地评价包含有频率少的多态性的多态性数据的可靠性，然后再决定错误试样的抽出和分类型的阈值。

非专利文献1：KevinLGunderson，FrankJSteemers，GraceLee，LeoGMendoza，andMarkSChee，“Agenome-widescalableSNPgenotypingassayusingmicroarraytechnology”，NATUREGENETICS，VOLUME37，NUMBER5，MAY，2005

发明内容

但是，在现有技术中是操作人员主观地评价多态性数据的可靠性，因此会产生如下问题，即，不论是否将相同的多态性数据作为评价对象，若操作人员不同，其评价结果也就不同。

本发明鉴于上述问题点，其目的在于提供一种试样数据可靠性评价方法和试样数据可靠性评价装置，该试样数据可靠性评价方法和试样数据可靠性评价装置即使在特别是有关基因多态性的多态分析中得到了包含有频率少的多态性的多态性数据的情况下，也能够客观地评价这种多态性数据的可靠性。

为了解决上述问题，达到上述目的，本发明涉及的技术方案1中记载的试样数据可靠性评价方法的特征在于，包括：基于以有关已分组试样的多个试样数据为要素的试样数据集合，对每个试样数据计算上述试样和属于与该试样所属的组相同的组的试样之间的典型距离，即相同组试样间典型距离的工序；基于上述试样数据集合，对每个试样数据计算上述试样和属于与该试样所属的组不同的组的试样之间的典型距离即不同组试样间典型距离的工序；基于在上述工序中计算出的上述相同组试样间典型距离和上述不同组试样间典型距离，对每个试样数据计算用于评价每个上述试样数据的可靠性的指标即可靠性评价指标的工序；基于在上述工序中计算出的上述可靠性评价指标，评价上述试样数据集合的部分集合或者上述试样数据集合全体的上述可靠性的工序，上述多个试样数据是有关基因多态性的多态性分析中的多态性数据，上述相同组试样间典型距离是上述试样和属于与该试样所属的组相同的组的试样之间的平均距离，上述不同组试样间典型距离是上述试样和属于与该试样所属的组不同的组的试样之间的最小距离，上述可靠性评价指标是上述相同组试样间典型距离与上述不同组试样间典型距离的比或者该比的平均。

此外，本发明涉及的技术方案2中记载的试样数据可靠性评价方法的特征在于，在技术方案1中记载的试样数据可靠性评价方法中，所述上述试样数据集合的上述部分集合或者上述试样数据集合全体的上述可靠性的上述评价，是上述可靠性低的上述试样数据集合的上述部分集合或者上述试样数据集合全体的抽出、或者在上述分组中使用的算法的上述可靠性的上述评价。