[发明专利]用于鉴定抗原的组合物和方法

权利要求书

1.一种可复制的库，包含处在规定位置的至少20个不连续的成员， 其中

(a)所述库的所述成员各自包含细胞或病毒，所述细胞或病毒包 含编码多肽的至少一部分的第一多核苷酸，所述多肽由病原生物的基因 组编码，所述第一多核苷酸可操作地连接到启动子，和

(b)所述库包含编码所述多肽的至少50％的部分的多核苷酸，所 述多肽由所述病原生物的基因组编码。

2.一种确定库是否含有或编码免疫原性多肽的方法，所述方法包 括：

(a)用第二细胞分别地接触权利要求1的库的每个成员，所述第 二细胞能够(i)内吞每个成员中的所述细胞或所述病毒和(ii)通过I 类MHC途径在它的表面展示肽，其中所述库的每个成员包含由所述多 核苷酸编码的所述多肽；

(b)用来自早先被所述病原生物感染的哺乳动物的CTL细胞分别 地接触步骤(a)的每个成员；和

(c)检测所述CTL细胞是否被活化，其中所述CTL细胞的活化表 明所述多肽是免疫原性的，从而确定所述库是否含有或编码免疫原性多 肽。

3.权利要求2的方法，其中所述库的所述每个成员进一步包含编码 孔洞形成蛋白的多核苷酸。

4.权利要求3的方法，其中所述孔洞形成蛋白是LLO。

5.权利要求2的方法，其中所述第二细胞是巨噬细胞。

6.权利要求2的方法，其中所述库的所述每个成员在所述接触步骤 (a)之前被杀死。

7.权利要求2的方法，其中在所述接触步骤(b)之前，所述第二 细胞被杀死。

8.权利要求2的方法，进一步包括步骤：

(d)从所述库的复制物拷贝中回收编码步骤(c)中鉴定的所述多 肽的多核苷酸。

9.权利要求2的方法，其中，在接触步骤(a)之前，产生所述库 的复制物。

10.权利要求2的方法，进一步包括步骤：

(d)鉴定步骤(c)中被确定为免疫原性的所述多肽之内足够CTL 活化的表位。

11.权利要求2的方法，其中所述库的所述成员包含来自所述病原 生物的蛋白质组的至少75％的多肽。

12.权利要求11的方法，其中所述库的所述成员包含来自所述病原 生物的蛋白质组的至少90％的多肽。

13.权利要求12的方法，其中所述库的所述成员包含来自所述病原 生物的蛋白质组的至少95％的多肽。

14.权利要求11的方法，其中所述库的每个成员包含少于10个不 同的编码来自所述病原生物的多肽的多核苷酸。

15.一种疫苗，包含权利要求10的方法鉴定的至少一个表位和药学 上可接受的载体。

16.一种表位混合物，包含使用权利要求10的方法鉴定的至少5 个表位。

17.一种组合物，包含权利要求2的方法鉴定的至少5种多肽。

18.一种疫苗，包含权利要求2的方法鉴定的至少一种免疫原性多 肽和药学上可接受的载体。

19.权利要求2的方法，其中所述接触步骤(b)使用多种CTL细 胞来进行。

20.权利要求2的方法，进一步包括使用所述库进行所述方法步骤 (b)和(c)至少再一次。

21.权利要求20的方法，其中每次进行所述方法，在步骤(b)中 接触不同的CTL细胞。

22.权利要求1的可复制的库，其中所述病毒是噬菌体。

23.权利要求1的可复制的库，其中所述细胞是细菌。

24.权利要求23的可复制的库，其中所述细菌是E.coli。