[发明专利]CYP2C19基因第六号外显子的单核苷酸多态性的检测方法

说明书

技术领域

本发明涉及的是基因技术领域的核酸及其引物和检测方法，具体地讲是一种分离核酸、一种等位基因特异性的核酸引物和CYP2C19基因第六号外显子的单核苷酸多态性的检测方法。

背景技术

细胞色素氧化酶P4502 C19(CYP2C19)又称为S-美芬妥英羟化酶，是细胞色素P450的一个成员，在CYP2C家族中，通过cDNA克隆方法已鉴定出6个基因，即CYP2C8、CYP2C9、CYP2C10、CYP2C17、CYP2C18、CYP2C19，其中CYP2C19催化临床常用的多种药物包括质子泵抑制剂(PPI)如奥美拉唑等药物在人体内的氧化代谢反应，是人类肝脏细胞色素氧化酶p450酶系中的一种肝药酶。该酶活性的遗传多态性影响着许多临床药物的代谢，其活性存在明显的个体差异，很多药物是CYP2C19的诱导剂和抑制剂，在药物联合使用时，常使CYP2C19酶活性的个体差异得到放大，以至于影响到药物的安全性和有效性。CYP2C19酶活性还与肿瘤的发生密切相关，食管癌患者CYP2C19PM者发生率显著高于正常对照组。此外，性别也可能影响CYP2C19的活性，女性的CYP2C19活性比男性高。年龄对CYP2C19活性亦有影响，Tanaka将研究的对象分成5个年龄组，实验结果表明CYP2C19在出生时最低，随后立即升高，至成年期达到最高峰，到老年时又下降。CYP2C19的活性受到遗传因素及环境因素的影响，但遗传因素是最主要的原因。多数CYP2C19的单核苷酸突变可以影响基因的后续转录和表达，进而改变了酶的结构和活性，这是造成个体差异的主要原因。鉴于CYP2C19在药物代谢中的作用及活性存在个体差异，因此对解决CYP2C19基因多态性的检测和相关问题是现有技术急需解决的技术难题。

对现有文献的检索，未发现有本发明的CYP2C19基因第六号外显子(C905G)SNP(单核苷酸多态性)相关的报道。

发明内容

本发明的目的在于克服现有技术中的不足，提供一种CYP2C19基因第六号外显子的单核苷酸多态性的检测方法，同时涉及一种分离核酸、一种等位基因特异性的核酸引物，可用于评估个体患CYP2C19基因的第六号外显子相关疾病的易感性，以及用于CYP2C19基因多态性与临床用药安全关系的研究。

本发明是通过以下技术方案实现的，第一方面，提供了一种检测人CYP2C19基因第六号外显子的单核苷酸多态性的方法，它包括步骤：

(a)采用Primer 5.0等相关软件，以GenBank数据库CYP2C19基因(AY796203)第六号外显子以及外显子与内含子接合部位序列为模板设计一对等位基因特异性的核酸引物，利用引物对来扩增CYP2C19基因的第六号外显子的DNA序列，对扩增产物进行分离纯化，得到相应分离核酸。

(b)检测在所述位置是否存在单核苷酸多态性。采用一些分析技术可用于检测分离核酸的CYP2C19基因第六号外显子的SEQ ID NO：1所示序列的第905位核苷酸是否存在单核苷酸多态性，即C→G多态性。

这些分析技术包括(但并不限于)：DNA测序法、杂交测序法；酶促错配切割法、异源双链分析法、点杂交法、寡核苷酸阵列法、微测序法、Taqman技术、分子信标法，变性高效液相色谱法。

在本发明的第二方面，提供了一种分离核酸，它具有SEQ ID NO：1所示的序列，且第905位为G。

在本发明的第三方面，提供了一种等位基因特异性的核酸引物，其长度为15-50bp，且特异性地杂交并扩增出含人CYP2C19基因第六号外显子的SEQ ID NO：1所示序列的第905位的单核苷酸多态性的扩增产物。

本发明所述的“分离纯化”是指在基因组DNA水平上，利用引物对来扩增每个多态性位点的基因序列和利用纯化试剂盒对扩增产物进行提纯。

用于本发明的测试样品没有特别限制，对于检测SNP而言，可以是从血液、组织等样品中抽提出的DNA或mRNA。对于CYP2C19基因第六号外显子活性而言，可以任何含有CYP2C19基因第六号外显子的样品，如血液等。