[发明专利]鉴别新的酶相互作用化合物的方法

权利要求书

1.表征至少一种酶的方法，其包括下述步骤：

a)提供含有该酶的蛋白制品，

b)在允许酶结合广谱酶配体的条件下，在基本上生理条件下使该蛋白制品接触至少一种固定化在固体支持物上的所述广谱酶配体，

c)洗脱酶，和

d)通过质谱法表征洗脱的酶。

2.权利要求1的方法，其中步骤a)中蛋白制品的提供包括下述步骤：收获至少一个含有该酶的细胞，和裂解该细胞。

3.表征至少一种酶的方法，其包括下述步骤：

a)提供2份等分试样，其各自包含至少一个含有该酶的细胞，

b)将一份等分试样与给定化合物温育，

c)收获细胞，

d)裂解细胞，

e)在允许酶结合广谱酶配体的条件下，在基本上生理条件下使细胞裂解物接触至少一种固定化在固体支持物上的所述广谱酶配体，

f)洗脱酶，和

g)通过质谱法表征洗脱的酶。

4.权利要求3的方法，其中通过表征酶，可以确定化合物的施用是否会导致该酶的差异表达或激活状态。

5.表征至少一种酶的方法，其包括下述步骤：

a)提供含有该酶的蛋白制品的2份等分试样，

b)在允许酶结合广谱酶配体的条件下，在基本上生理条件下使一份等分试样接触至少一种固定化在固体支持物上的所述广谱酶配体，

c)在允许酶结合广谱酶配体的条件下，在基本上生理条件下使另一份等分试样接触至少一种固定化在固体支持物上的所述广谱酶配体和接触给定化合物，

d)洗脱酶，和

e)通过质谱法表征洗脱的酶。

6.权利要求5的方法，其中步骤a)中蛋白制品的提供包括下述步骤：收获至少一个含有该酶的细胞，和裂解该细胞。

7.权利要求5或6中任一项的方法，其中检测到与化合物温育的等分试样中酶的减少，指示着该酶是该化合物的直接靶物。

8.表征至少一种酶-化合物复合物的方法，其包括下述步骤：

a)提供含有该酶的蛋白制品，

b)在允许酶结合广谱酶配体的条件下，在基本上生理条件下使蛋白制品接触至少一种固定化在固体支持物上的所述广谱酶配体，

c)使结合的酶接触化合物，以释放至少一种结合的酶，和

d)通过质谱法表征释放的酶，或

e)从配体洗脱酶，和通过质谱法表征酶，从而鉴别该化合物的一种或多种结合伴侣。

9.权利要求8的方法，其中步骤a)中蛋白制品的提供包括下述步骤：收获至少一个含有该酶的细胞，和裂解该细胞。

10.权利要求9的方法，作为中或高处理量筛选进行。

11.权利要求3-10中任一项的方法，其中所述化合物选自：合成的化合物，或有机合成药物，更优选小分子有机药物，和天然小分子化合物。

12.权利要求1-11中任一项的方法，其中所述酶选自：激酶，磷酸酶，蛋白酶，磷酸二酯酶，氢化酶，脱氢酶，连接酶，异构酶，转移酶，乙酰化酶，脱乙酰基酶，GTP酶，聚合酶，核酸酶，和解旋酶。

13.权利要求1-12中任一项的方法，其中所述配体会结合给定酶类别中10％-50％、优选30％-50％的酶。

14.权利要求1-13中任一项的方法，其中所述配体是抑制剂。

15.权利要求14的方法，其中所述酶是激酶，配体选自：双吲哚基马来酰亚胺VIII，Purvalanol B，CZC00007324(可连接的PD173955)，和CZC00008004。

16.权利要求1-15中任一项的方法，其中通过表征酶的共同洗脱的结合伴侣、酶亚基或酶的翻译后修饰，进行酶的表征。

17.权利要求1-16中任一项的方法，其中通过鉴别酶或酶结合伴侣的proteotypic肽，进行所述表征。

18.权利要求17的方法，其中通过对比为酶或结合伴侣得到的proteotypic肽和已知的proteotypic肽，进行所述表征。