[发明专利]包括含有嵌入性假核苷酸(IPN)的嵌入性核酸(INA)的扩增阻断剂有效
| 申请号: | 200580038260.7 | 申请日: | 2005-09-09 |
| 公开(公告)号: | CN101056883A | 公开(公告)日: | 2007-10-17 |
| 发明(设计)人: | 道格拉斯·斯彭切尔·米勒 | 申请(专利权)人: | 人类遗传标记控股有限公司 |
| 主分类号: | C07H21/00 | 分类号: | C07H21/00;C12Q1/68 |
| 代理公司: | 中科专利商标代理有限责任公司 | 代理人: | 吴小明 |
| 地址: | 澳大利亚*** | 国省代码: | 澳大利亚;AU |
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| 摘要: | |||
| 搜索关键词: | 包括 含有 嵌入 核苷酸 ipn 核酸 ina 扩增 阻断剂 | ||
1.第一扩增阻断剂,第二扩增阻断剂,第一引物和第二引物在制备用 于在扩增试验中检测核酸分子目标区域甲基化状态的试剂盒中的应 用,其中所述第一扩增阻断剂具有15-50个核苷酸或核苷酸类似物长 度并包括含有2个-10个内部嵌入性假核苷酸(IPNs)的嵌入性核酸 (INA),其中所述IPN选自1-(4,4’-二甲氧基三苯基甲氧基)-3-芘-甲氧 基-2-丙醇的亚磷酰胺,所述第一阻断剂与修饰的核酸模板第一链上 未甲基化的目标区域互补,
所述修饰的核酸模板是通过用修饰胞嘧啶碱基但是不修饰5-甲 基-胞嘧啶碱基的试剂处理所述核酸分子而形成,所述试剂选自亚硫 酸氢盐,醋酸盐或柠檬酸盐,
所述第二扩增阻断剂包括具有15-50个核苷酸或核苷酸类似物长 度并含有2个-10个内部嵌入性假核苷酸(IPNs)的嵌入性核酸(INA), 其中所述IPN选自1-(4,4’-二甲氧基三苯基甲氧基)-3-芘-甲氧基-2-丙 醇的亚磷酰胺,所述第二阻断剂与所修饰的核酸模板第一链的互补第 二链下游上的区域互补,
所述第一引物与所修饰的核酸模板第一链上目标区域上游的核 酸区域互补,
所述第二引物与所修饰的核酸模板第一链的互补第二链上第二 阻断剂区域下游的核酸区域互补,
其中通过进行扩增反应,如果所述目标区域被甲基化,那么将有 扩增产物,并且如果所述目标区域未被甲基化,那么将没有扩增产物。
2.第一扩增阻断剂,第二扩增阻断剂,第一引物和第二引物在制备用 于在扩增试验中检测核酸分子目标区域甲基化状态的试剂盒中的应 用,其中所述第一扩增阻断剂包括具有15-50个核苷酸或核苷酸类似 物长度并含有2个-10个内部嵌入性假核苷酸(IPNs)的嵌入性核酸 (INA),其中所述IPN选自1-(4,4’-二甲氧基三苯基甲氧基)-3-芘-甲氧 基-2-丙醇的亚磷酰胺,所述第一阻断剂与修饰的核酸模板第一链上 甲基化的目标区域互补,
所述修饰的核酸模板是通过用修饰胞嘧啶碱基但是不修饰5-甲 基-胞嘧啶碱基的试剂处理所述核酸分子而形成,所述试剂选自亚硫 酸氢盐,醋酸盐或柠檬酸盐,
所述第二扩增阻断剂具有15-50个核苷酸或核苷酸类似物长度并 包括含有2个-10个内部嵌入性假核苷酸(IPNs)的嵌入性核酸(INA), 其中所述IPN选自1-(4,4’-二甲氧基三苯基甲氧基)-3-芘-甲氧基-2-丙 醇的亚磷酰胺,所述第二阻断剂与所修饰的核酸模板第一链的互补第 二链下游上的区域互补,
所述第一引物与所修饰的核酸模板第一链上目标区域上游的核 酸区域互补,
所述第二引物与所修饰的核酸模板第一链的互补第二链上第二 阻断剂区域下游的核酸区域互补,
其中通过进行扩增反应,如果所述目标区域未被甲基化,那么将 有扩增产物,并且如果所述目标区域被甲基化,那么将没有扩增产物。
3.按照权利要求1或2的应用,其中所述试剂盒还包括:
第三和第四扩增阻断剂,所述第三和第四扩增阻断剂包括具有 15-50个核苷酸或核苷酸类似物长度并含有2个-10个内部嵌入性假 核苷酸(IPNs)的嵌入性核酸(INA),其中所述IPN选自1-(4,4’-二甲氧 基三苯基甲氧基)-3-芘-甲氧基-2-丙醇的亚磷酰胺,所述第三和第四阻 断剂与第一和第二阻断剂区域的内部区域互补,和
第三和第四引物,其与第三和第四阻断剂区域的外部区域以及第 一和第二引物区域的内部区域互补。
4.按照权利要求3的应用,其中所述试剂盒还包括:
一种或多种针对所述核酸分子上一个或多个区域的另外的扩增 阻断剂,其包括具有15-50个核苷酸或核苷酸类似物长度并含有2个 -10个内部嵌入性假核苷酸(IPNs)的嵌入性核酸(INA)其中所述IPN 选自1-(4,4’-二甲氧基三苯基甲氧基)-3-芘-甲氧基-2-丙醇的亚磷酰 胺。
5.按照权利要求4的应用,其中所述核酸分子上的区域与所修饰的 核酸模板的一个或多个区域相对应。
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