[发明专利]使用固定化的捕获探针优化基因表达分析

权利要求书

1.一种阻止溶液中进行的测定中可检测的二联体数目显著减少的方法，所述测定在许多核酸靶和许多寡核苷酸之间进行，所述寡核苷酸完全或部分地互补于所述靶的亚序列，其中所述寡核苷酸连接于一种固相载体的表面，并在所述靶和所述寡核苷酸杂交之后产生测定信号，所述方法包括选择每单位所述固相载体表面连接的寡核苷酸密度，其低于一个极值，在此极值内预计发生所述显著减少。

2.根据权利要求1所述的方法，还包括把双功能聚合部分连接于所述固相载体，然后把所述寡核苷酸连接于所述双功能聚合部分。

3.根据权利要求2所述的方法，其中所述双功能聚合部分的表面区域，当连接于所述固相载体时是已知的。

4.根据权利要求2所述的方法，其中所述双功能聚合部分是大致分子量是已知的聚乙二醇。

5.根据权利要求2所述的方法，其中所述双功能聚合部分是一种蛋白质，诸如中性亲和素。

6.根据权利要求1所述的方法，其中所述限制随着所述寡核苷酸长度增加而减少。

7.根据权利要求1所述的方法，其中所述限制是基于连接于表面的相邻寡核苷酸不互相重合的区域的条件而确定。

8.根据权利要求1所述的方法，其中所述寡核苷酸与所述靶都是RNA或都是DNA。

9.一种阻止溶液中进行的测定中可检测的二联体数目显著减少的方法，所述测定在许多核酸靶和许多寡核苷酸之间进行，所述寡核苷酸完全或部分地互补于所述靶的亚序列，其中所述寡核苷酸连接于一种固相载体的表面，并在所述靶和所述寡核苷酸杂交之后产生测定信号，所述方法包括调节所述溶液中所述靶的浓度以控制所述寡核苷酸的有效电荷fnP，f≤1，其中每个所述寡核苷酸包括P核苷酸和nP可离子化基团组成，n≥1，并以确定探针不是完全伸长的。

10.根据权利要求9所述的方法，其中所述寡核苷酸以已知的每单位表面密度连接于所述固相载体。

11.根据权利要求9所述的方法，其中所述寡核苷酸与所述溶液化学平衡。

12.一种通过与靶核酸形成二联体而优化捕获的表面上寡核苷酸层密度的方法，所述寡核苷酸具有线性尺寸a的P单体，所述方法包括把所述寡核苷酸的一端连接到所述表面，其中所述寡核苷酸彼此间平均横向间距d，其中d＞aP^υ，υ＝3/5。

13.一种优化寡核苷酸层密度的方法，所述寡核苷酸在用于捕获的表面上，通过与靶核酸形成二联体，所述寡核苷酸具有线性尺寸a的P单体，所述方法包括把所述寡核苷酸的一端连接到所述表面，并且其中所述二联体占用表面区域为ξ_PT²，连接的所述寡核苷酸平均横向间距d，从而d＞ξPT。

14.根据权利要求9或13所述的方法，其中所述连接是通过所述寡核苷酸的5’末端提供的官能团的方式。

15.根据权利要求9或13所述的方法，其中所述连接是通过所述寡核苷酸的指定部分提供的官能团的方式。

16.根据权利要求9或13所述的方法，其中所述连接是通过所选尺寸的双功能聚合间隔物的一个末端官能团的方式，所述间隔物由其第二个末端官能团共价连接于所述寡核苷酸的5’末端。

17.一种把二联体形成大致限制在靠近固相载体表面的溶液的一个区域的方法，并且其中所述二联体形成在溶液的本体中，在许多核酸和许多寡核苷酸之间形成，所述寡核苷酸完全或部分地互补于所述靶的亚序列，并且其中所述寡核苷酸连接于所述固相载体的表面，包括调节所述溶液的盐浓度至或低于在溶液的本体中形成二联体所需的最小值。

18.根据权利要求17所述的方法，其中所述区域包括带电的靶和带电或不带电的寡核苷酸。

19.根据权利要求17所述的方法，其中所述最小值是10mM浓度的单价盐。