[发明专利]通过扩增和检测复制酶序列分析SARS冠状病毒

说明书

本申请要求2003年9月12日提交的美国临时申请系列号 60/502,279的优先权，该临时申请完整地并入此处作为参考。

技术领域

本发明涉及通过扩增和检测复制酶RNA序列分析严重急性呼吸道 综合征冠状病毒的存在的方法。

背景技术

严重急性呼吸道综合征(SARS)是最近出现的与感染患者中的非典 型肺炎有关的疾病。该疾病非常严重，并且没有已知的治疗方法。SARS 的潜伏期一般为2至10天。Sympathkumar等，Mayo Clin.Proc.78： 882-890(2003)。SARS的身体表现包括发烧，之后为无痰干咳及呼吸 短促。在大约3％至10％的SARS病例中出现因呼吸衰竭导致的死亡。疾 病控制和预防中心(CDC)，Morb.Mortal.Wkly.Report.52：357 (2003)。

SARS的临床诊断常常是一个缓慢的过程，因为SARS疑似患者的 初步诊断检查包括胸部X光片、脉搏血氧定量、血液培养、痰的革兰 氏染色和培养、以及针对其它病毒性呼吸道感染的检查。CDC， Guidelines and Recommendations：Interim Guidelines for Laboratory Diagnosis of SARS-CoV Infection，Jul.(2003)。这 一困难也反映在如下事实上：两种最常用的诊断程序——检测SARS 病毒的血清抗体和在细胞培养中从临床样品分离病毒——常常花费数 日或甚至数周来完成。CDC，Guidelines and Recommendations： Interim Guidelines for Laboratory Diagnosis of SARS-CoV Infection，Jul.(2003)。因此，重要的是，需要建立快速的非侵入 性SARS检查法以监测和控制该疾病。

在2003年初，一种新的冠状病毒被鉴定为SARS的病原体。Drosten 等，N.Engl.J.Med.348：1967-76(2003)。冠状病毒是一组多样 的RNA病毒，其在人类和其它动物中引起呼吸道和肠道疾病。它们是 最大的RNA病毒，具有大约30,000个核苷酸的基因组。Rota等， Science 300：1394-1399(2003)。SARS-冠状病毒(SARS-CoV)是一种 有包膜的、正链RNA病毒。基于序列分析，SARS-CoV是新冠状病毒组 中的一个成员(尼多病毒目(Nidovirale)，冠状病毒科 (Coronaviridae)，冠状病毒属(Coronavirus))。Rota等，同上引文。

复制酶(rep)基因位于接近基因组RNA的5’末端，并且占全基因 组的大约70％。与其它病毒蛋白质不同，rep基因产物从基因组RNA 翻译产生。复制酶多蛋白经过自催化切割而产生功能性病毒蛋白酶， RNA聚合酶和RNA依赖性解旋酶。rep基因的检测可以作为基因组 SARS-CoV RNA存在的指示。Rota等，同上引文。因此，用于检验该 病毒核酸存在的测定将允许快速灵敏地检测SARS-CoV。该测定将提供 替代血清学检查、直接荧光抗体染色或尿抗原检查的更灵敏方法。

发明内容

一方面，本发明提供包含第一扩增引物和第二扩增引物的寡核苷 酸组，其中第一扩增引物选自SEQ ID NO.：2和14，而第二扩增引物 选自SEQ ID NO.：3和15。另一方面，第一扩增引物基本上由SEQ ID NO.：2组成，而第二扩增引物基本上由SEQ ID NO.：3组成。在本发 明的再一方面，第一扩增引物基本上由SEQ ID NO.：14组成，第二扩 增引物基本上由SEQ ID NO.：15组成。

另一方面，本发明提供包含第一扩增引物和第二扩增引物的寡核 苷酸组，第一扩增引物选自SEQ ID NO.：2和14的靶结合序列，第二 扩增引物选自SEQ ID NO.：3和15的靶结合序列。另一方面，第一扩 增引物基本上由SEQ ID NO.：2的靶结合序列组成，第二扩增引物基 本上由SEQ ID NO.：3的靶结合序列组成。在本发明的再一方面，第 一扩增引物基本上由SEQ ID NO.：14的靶结合序列组成，第二扩增引 物基本上由SEQ ID NO.：15的靶结合序列组成。