[发明专利]检测和/或鉴定腺伴随病毒(AAV)序列以及分离所鉴定的新型序列的方法

权利要求书

1.一种鉴定样品中的腺伴随病毒(AAV)序列的方法，该样品含有DNA并疑似含有 来自潜在感染的AAV，所述方法包括以下步骤：

使该样品接触至少第一组由各自在长度上包含至少18个核苷酸的3’引物和5’引 物构成的引物，其中所述第一组中的各个引物还包含具有至少9个与AAV序列完全 互补的连续核苷酸的3’端，所述AAV序列在包括两种或更多不同AAV血清型的AAV 序列比对中是保守的，从而所述引物特异性扩增具有包含SEQ ID NO：6核苷酸 2886-3143的AAV衣壳核酸序列和其他AAV衣壳中相对应核苷酸的AAV区域，其中与 所述引物完全互补的所述保守序列是特异性扩增的AAV区域的5’和3’的保守性AAV 序列；和

通过存在扩增的AAV衣壳核酸序列鉴定样品中的AAV。

2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述引物扩增包含SEQ ID NO：6的 2800-3200和其他AAV序列中的相对应的比对核苷酸的AAV衣壳序列。

3.如权利要求1所述的方法，还包括使该样品接触至少第二组扩增第二区域的 引物，所述第二组引物由第一组的5’或3’引物构成，从而所述第二组引物扩增被第 一组引物扩增的AAV序列以及额外的其3’或5’AAV序列；任选用进一步的引物组重 复该延伸步骤；将延伸产物融合以构建全长AAV衣壳。

4.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述含有DNA的样品已从选自下组 的来源提取：细胞、细胞培养物、组织、组织培养物和生物液体。

5.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述AAV区在比对的核酸序列的5’ 和/或3’端有至少25个核苷酸是相同的。

6.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述AAV区在比对的核酸序列的5’ 和/或3’端有至少30个核苷酸是相同的。

7.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述第一区域当中的所有可变的核 苷酸序列在比对的AAV血清型中具有小于70％的同一性。

8.一种用于鉴定疑似含有潜在腺伴随病毒(AAV)感染的细胞DNA样品中是否存在 腺伴随病毒(AAV)的试剂盒，所述试剂盒装有：

至少第一组由各自在长度上包含至少18个核苷酸的3’引物和5’引物构成的引物， 其中所述第一组中的各个引物还包含具有至少9个与AAV序列完全互补的连续核苷 酸的3’端，所述AAV序列在包括两种或更多不同AAV血清型的AAV序列比对中是保 守的，从而所述引物特异性扩增具有包含SEQ ID NO：6核苷酸2886-3143的AAV衣 壳核酸序列和其他AAV衣壳中相对应核苷酸的AAV区域，其中与所述引物完全互补 的所述保守序列是特异性扩增的AAV区域的5’和3’的保守性AAV序列；

任选地至少第二组扩增第二区域的引物，所述第二组引物由第一组的5’或3’引物 构成，从而所述第二组引物扩增被第一组引物扩增的AAV序列以及额外的其3’或5’ AAV序列；任选用进一步的引物组延伸这些序列；将延伸产物融合以构建全长AAV衣 壳；

每组引物由5’引物和3’引物构成，所述每一个引物包含至少18个与其各自的高 度保守序列互补的核苷酸并在其3’端的至少9个碱基对内与其各自的高度保守序列 具有精确的同一性。

9.如权利要求8所述的试剂盒，其特征在于，所述5’引物具有包含 GCTGCGTCAACTGGACCAATGAGAAC的序列，其对应于SEQ ID NO：6的nt 1398-1423。

10.如权利要求8所述的试剂盒，其特征在于，所述3’引物具有包含 CGCAGAGACCAAAGTTCAACTGAAACGA的序列，其对应于与SEQ ID NO：7的4462-4435互 补的核苷酸。