[发明专利]一种快速检测HGT的方法在审
| 申请号： | 202211652294.7 | 申请日： | 2022-12-21 |
| 公开（公告）号： | CN116312768A | 公开（公告）日： | 2023-06-23 |
| 发明（设计）人： | 赵梓丞;李梦瑶;高鹏;贺小兰 | 申请（专利权）人： | 深圳百人科技有限公司 |
| 主分类号： | G16B20/30 | 分类号： | G16B20/30;G16B30/10;G16B50/00;G06F18/2321 |
| 代理公司： | 合肥钩知专利代理事务所(特殊普通合伙) 34305 | 代理人： | 孙秀丽 |
| 地址： | 518118 广东省深圳市坪山区坑梓街*** | 国省代码： | 广东;44 |
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| 摘要： | 本发明公开了一种快速检测HGT的方法，涉及HGT检测技术领域，解决了现有HGT检测技术检测过程缓慢，计算成本高，且HGT检测精度相对较低，难以应用于实际的大规模宏基因组学研究中的问题，现提出如下方案，其包括第一部分为一种允许近似匹配的k‑mer编码算法；第二部分为基于上述k‑mer编码算法估计基因组深度和跨物种reads比对，而从参考数据库中提取HGT相关片段的程序；第三部分为利用BWA比对从不一致的reads比对中再次确定HGT精确断点位置。本方法具有将参考数据库减少到一个小型的HGT相关参考数据库来加快对比，在执行速度提高四倍以上的同时具有较高的准确性，同时提高了计算效率，也降低了计算成本，还能够便利地应用于实际的大规模宏基因组学研究中的特点。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 快速 检测 hgt 方法 | ||
【主权项】：
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