[发明专利]一种基于UMI-tools和Spark的单细胞上游大数据处理方法在审
| 申请号： | 202111346883.8 | 申请日： | 2021-11-15 |
| 公开（公告）号： | CN114067910A | 公开（公告）日： | 2022-02-18 |
| 发明（设计）人： | 俞容山;刘钰;高铭暄;刘洪金 | 申请（专利权）人： | 厦门大学 |
| 主分类号： | G16B30/00 | 分类号： | G16B30/00;G06F9/50;G06F16/182;G06F16/172 |
| 代理公司： | 厦门致群财富专利代理事务所(普通合伙) 35224 | 代理人： | 阮秋咏 |
| 地址： | 361000 *** | 国省代码： | 福建;35 |
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| 摘要： | 本发明公开了一种基于UMI‑tools和Spark的单细胞上游大数据处理方法，包括如下步骤：S1、通过HadoopBAM的接口读取FASTQ R1和FASTQ R2文件，并分别抽象为FASTQ R1数据集和FASTQ R2数据集；S2、从FASTQ R2数据集筛选出待处理的FASTQ数据集；S3、利用软件STAR将待处理的FASTQ数据集转化为SAM数据集；S4、读取GTF数据集和SAM数据集，分别根据各自记录中的染色体名进行聚合分组，得到GTF数据集组和SAM数据集组；S5、将GTF数据集组和SAM数据集组中具有相同染色体名的SAM记录和GTF记录进行拼接，并计数；S6、将计数的结果保存为结果文件。本发明大大减少了不必要的中间读写过程，提高数据处理的效率。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 基于 umi tools spark 单细胞 上游 数据处理 方法 | ||
【主权项】：
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