[发明专利]一种测序数据GC偏向性校正的方法及其装置有效
| 申请号： | 202010436420.X | 申请日： | 2020-05-21 |
| 公开（公告）号： | CN111627498B | 公开（公告）日： | 2022-10-04 |
| 发明（设计）人： | 林浩翔;况霓;黄毅;易鑫;杨玲;吴玲清 | 申请（专利权）人： | 北京吉因加医学检验实验室有限公司;深圳吉因加医学检验实验室 |
| 主分类号： | G16B20/30 | 分类号： | G16B20/30;G16B30/10;G16B40/00 |
| 代理公司： | 北京三聚阳光知识产权代理有限公司 11250 | 代理人： | 廖慧敏 |
| 地址： | 102206 北京市昌平区回龙观镇生命园路8号院*** | 国省代码： | 北京;11 |
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| 摘要： | 一种测序数据GC偏向性校正的方法，包括如下步骤：获取基因组的测序数据比对数据可供计算分析区间R；从可供计算分析区间R中获取最高频率片段长度数F；通过对区间R进行不重复的抽样，抽样数N小于或等于区间R的总长度；计算每一个抽出的位置P对应的如下A)‑B)的参数:A)位置P到位置P+F之间的序列中的G碱基和C碱基的个数之和Gp；B)位置P上比对片段数Fp，所述比对片段的起始位置为位置P；汇总每一个位置上述的数值，对每一个Gp值进行分层统计，最终计算每一个Gp值对应的GC片段比例；将测序深度除以Rgc进行测序深度计算修正。本发明的GC偏向性校正方法构建的模型，修正效果好。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 序数 gc 偏向 校正 方法 及其 装置 | ||
【主权项】：
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