[发明专利]一种区分结直肠癌的癌组织及癌旁正常组织的结直肠癌判别模型及其构建方法在审
| 申请号： | 201910707722.3 | 申请日： | 2019-08-01 |
| 公开（公告）号： | CN110257524A | 公开（公告）日： | 2019-09-20 |
| 发明（设计）人： | 朱益民;来茂德;孙晓慧 | 申请（专利权）人： | 浙江大学 |
| 主分类号： | C12Q1/6886 | 分类号： | C12Q1/6886;C12N15/11 |
| 代理公司： | 北京众合诚成知识产权代理有限公司 11246 | 代理人： | 马超前 |
| 地址： | 310058 浙江*** | 国省代码： | 浙江;33 |
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| 摘要： | 本发明公开了一种区分结直肠癌的癌组织及癌旁正常组织的结直肠癌判别模型的构建方法，该方法包括以下步骤：选出107个与结直肠癌相关的、在基因的启动子区存在甲基化差异的基因；利用TCGA数据库中包括同时具有甲基化和基因表达数据的患者，对107个基因的表达及启动子区的甲基化水平进行了验证，共36个基因验证成功，其中有371个CpG位点位于其启动子区上；利用TCGA数据库中的数据对371个CpG位点进行筛选；共筛选出78个CpG位点；对78个CpG位点，基于TCGA数据库中的数据，利用弹性网络算法，构建结直肠癌判别模型。本发明为日后血液筛查结直肠癌提供了理论基础和依据。 | ||
| 搜索关键词： | 结直肠癌 判别模型 启动子区 构建 数据库 正常组织 癌组织 基因 筛选 基因表达数据 甲基化差异 甲基化水平 弹性网络 基因验证 理论基础 直肠癌 甲基化 算法 验证 血液 成功 | ||
【主权项】：
1.一种区分结直肠癌的癌组织及癌旁正常组织的结直肠癌判别模型的构建方法，其特征在于，包括以下步骤：步骤1、选出107个与结直肠癌相关的、在基因的启动子区存在甲基化差异的基因；步骤2、利用TCGA数据库中包括同时具有甲基化和基因表达数据的患者，对107个基因的表达及启动子区的甲基化水平进行了验证，共36个基因验证成功，其中有371个CpG位点位于其启动子区上；步骤3、利用TCGA数据库中的数据对371个CpG位点进行筛选；共筛选出78个CpG位点；步骤4、根据CpG位点所对应的估计值对甲基化水平进行加权，得出甲基化风险指数，即为结直肠癌判别模型；当甲基化风险指数高于0.58时，为结直肠癌肿瘤组织标本，当指数低于0.58时，组织标本为正常组织标本。
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